python - 在 drmaa-python 中将作业数组索引作为参数传递

Question

我正在使用 lsf-drmaa 实现并通过 drmaa-python 进行接口。我通常将环境变量 $LSB_JOBINDEX 作为参数传递到我的 run.sh 脚本中。通过 drmaa-python，我创建JobTemplate jt并希望将其作为参数传递。我曾尝试使用 PARAMETRIC_INDEX，但此命令对我不起作用：jt.args = [str(drmaa.JobTemplate.PARAMETRIC_INDEX)].

我收到以下错误：

W #29c0 [  1227.22]  * '$drmaa_incr_ph$' can not be expanded in '$drmaa_incr_ph$'; removing from string

我在哪里出错和/或如何使用另一种方法传入索引？谢谢 -

Answer 1

您应该能够PARAMETRIC_INDEX通过 environment variable引用（在您的运行脚本中）的值$SGE_TASK_ID。qmaster在提交相应的作业时会负责扩展/填充$SGE_TASK_ID脚本中的每个数组索引值。