1

我已经在 githubstackoverflow上阅读了有关此问题的信息已有一段时间了。

但是,我似乎没有找到解决问题的正确方法。

这是我所做的过程:

不久前,我开始使用 Spark,我遇到了一个与 Java 相关的错误,根据这篇文章,我通过以下方式解决了这个错误:

sudo rm /usr/bin/java
sudo ln -s /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home/bin/java /usr/bin

今天,我正在尝试使用以下方式连接到我们的 Redshift 数据库:

redshift.drv <- JDBC('com.amazon.redshift.jdbc41.Driver',
                 '~/Amazon\ Redshift\ JDBC\ Driver/RedshiftJDBC41-1.1.10.1010.jar',
                identifier.quote="'")

引发以下错误:

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

根据github上的答案,我运行:

$ R CMD javareconf 

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_66
Java home path   : /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home
Unable to locate an executable at "/Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home/bin/javac" (-1)
Java compiler    : not functional
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
System Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    :
detected JNI linker flags :
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -DPLATFORM_PKGTYPE='"mac.binary.mavericks"'    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found
#include <jni.h>
     ^
1 error generated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home
Java library path:
JNI cpp flags    :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

其中 1st) 抛出此conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found错误,而 2nd) 与 R 看到的不一致:

> J("java.lang.System")$getProperty("java.version")
[1] "1.6.0_65"

在这个阶段,我有一种“直觉”,我运行的命令能够使用 Spark 是不够的,因为很明显我没有一致的环境。

因此,我的问题是:

有谁知道这个设置的修复?允许 R 查看 1.8.0_66 版本的东西(查找'jni.h'文件等...)

我真的不需要重新安装所有的 Java,我只想拥有一个干净、实用的环境。

如果有任何帮助,此驱动程序可以完美运行:

prod.drv <- JDBC('com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver',
             '~/sqljdbc_4.0/enu/sqljdbc4.jar',
             identifier.quote="'")

谢谢!

编辑:

我补充说:

setenv JAVA_HOME `/usr/libexec/java_home -v 1.8`

到我的.tcshrc文件并运行:

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h

(如果我没有明确传递 JAVA_CPPFLAGS 它将找不到它,获得与以前相同的错误)。

现在我收到以下错误:

Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_73
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/jar
System Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h
detected JNI linker flags : -framework JavaVM
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -DPLATFORM_PKGTYPE='"mac.binary.mavericks"'    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang: error: cannot specify -o when generating multiple output files
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program

JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home
Java library path:
JNI cpp flags    :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

所以,任何帮助将不胜感激:)

4

1 回答 1

0

我有同样的问题

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

并且找不到让它工作的方法。我使用 RPostgreSQL 库来解决它,使用这个答案: https ://stackoverflow.com/a/30855566/1686839

于 2016-08-30T17:14:34.103 回答