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我们从事系统生物学研究。我们更喜欢使用现有的数据集，因为收集新的生物数据很昂贵。因此，我们编写的许多脚本只不过是将一个数据集转换为另一个数据集。

最终，我们将我们的结果放到网上——越来越多的期刊需要这种东西。

因此，尝试在我的项目中使用 Rails 对我来说并不是很大的飞跃。我可以设置易于重现的实验，通过数据库表逐步转换数据（例如使用 rake），并使用诸如flotomatic和 gnuplot 之类的 gem 显示结果。如果我需要快速运行的东西，我什至可以使用Rice在 C++ 中编写自定义 gem ，或者使用starling和workling进行并行化。

最终，我开始怀疑是否有其他人在使用 Rails 进行生物信息学或一般科学。

我想，“如果我是一个科学研究 Rails 的宝石，我会怎么做？”

这样的宝石会有哪些额外的功能？也许是迁移适应到 rake-able 管道？也许更高级的图形功能？内置后台作业？

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我同意皮埃尔的观点。我认为 bioruby 是正确的地方。许多（大多数？）bioruby 用户/开发人员使用 rails，使 rails 成为 bioruby 项目的自然扩展。

这是用于 rails 的 bioruby 代码的不完整列表：

  • 在铁路应用程序中运行 bioruby 控制台 - http://bioruby.open-bio.org/wiki/BioRubyOnRails

  • Ensembl 的 ActiveRecord（Rails 默认 ORM）类 - bioruby-annex.rubyforge.org/

  • Uniprot db 插件 - bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070410/uniprot_on_active_record_plugin

  • CHADO/Bioruby 集成工作 - github.com/robsyme/RubyCHADO

抱歉链接乱了，但作为一个新用户，我不能发布多个链接:(

于 2010-09-12T13:19:00.507 回答
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对于生物信息学，请参见http://bioruby.org

于 2010-08-27T16:04:27.230 回答
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我以前使用过 Michael Barton 的Organized_experiments。一旦您将 DataMapper 替换为 ActiveRecord，它就可以很好地工作。

于 2011-02-03T05:39:12.690 回答