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我已经按照本指南在 Ubuntu 上安装了 R-devel 。当尝试安装 magrittr 时，install.packages("magrittr")我得到了这个：

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

引用此错误的另一个 stackoverflow 问题对我没有帮助。任何人都可以帮忙吗？

我真正想做的是安装Gviz包的最新开发版本。为此，我必须使用 bioconductor 和 R 的开发版本。在 Gviz 的依赖关系树中是 magrittr。

我的会话信息（）：

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0
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2 回答 2

2

我在安装raster软件包时遇到了同样的问题。我在这里发现问题是您提到的指南的第二个脚本导出的库目录之间的冲突：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

所以我删除了与我的 R-devel 实例无关的库文件夹：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

它终于奏效了。

于 2016-03-22T12:56:14.597 回答
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我能够安装 Gviz！这就是让我到达那里的原因：

  1. 我尝试使用devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")安装 Gviz 而不是使用biocLite("Gviz"). 这给了我checkCompilerOptions错误，但现在使用了包 matrixStats。
  2. 我使用devtools::install_github("HenrikBengtsson/matrixStats"). 这行得通。
  3. 此时我尝试再次安装 magrittr，使用install.packages("magrittr"). 它以某种方式起作用！
  4. 我现在可以安装 Gvizdevtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")

我仍然不知道该checkCompilerOptions错误，并希望有任何想法。

于 2016-02-19T12:23:19.547 回答