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我有一个与此非常相似的代码：

for(i in 1:5){
    mat<-matrix(runif(i^2,0,1), nrow=i, ncol=i)
    mat.max<-round(max(mat), 2)
    mat.min<-round(min(mat), 2)
    mat.tresh.seq<-seq(mat.min, mat.max, 0.01)
    dir.loc<-paste('~/', i, '/', sep='')
    dir.create(dir.loc, recursive=TRUE)
    mat.name<-paste(dir.loc, 'og-mat.csv', sep='')
    write.csv(mat, mat.name)
    dir.loc.2<-paste(dir.loc, 'treshhold/', sep='')
    dir.create(dir.loc.2, recursive=TRUE)
    for(j in mat.tresh.seq){
        mat.tresh <- mat>=j
        mat.tresh[mat.tresh == TRUE] <- 1
        mat.tresh[mat.tresh == FALSE] <- 0
        mat.tresh.name<-paste(dir.loc.2, 'thresh mat ', j, '.csv', sep='')
        write.csv(mat.tresh, mat.tresh.name)
    }
}

每个随机矩阵可以独立于另一个生成，每个阈值矩阵可以独立于另一个生成，但是阈值矩阵取决于随机矩阵。我将如何为这样的代码进行嵌套并行化？我必须只选择一个循环并行执行吗？

谢谢。

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我倾向于不混合数据处理和保存数据。如果你将这两种矩阵分开，那么你就有各种选择来运行并行函数。所以我对关于内部依赖于外部但在其他方面独立的嵌套循环的问题的回答是取消嵌套它们。

# starting matrices
og <- lapply(1:100,function(i){
  matrix(runif(i^2,0,1), nrow=i, ncol=i)
})

# threshhold matrices
y <- lapply(og,function(x){
  mat.tresh.seq <- seq(round(min(x), 2), round(max(x), 2), 0.01)
  z <- lapply(mat.tresh.seq,function(y,mat){
    mat.tresh <- mat>=y
    mat.tresh * 1
  },mat = x)
  names(z) <- mat.tresh.seq
  z
})

# directory/file structure
ynames <- lapply(y,names)

# create all folders
lapply(paste0('~/',1:length(ynames),'/threshhold'),dir.create,recursive = T)

# write og files
mapply(FUN = function(mainfolder,ogfiles){
  filename <- paste('~/',mainfolder, '/og-mat.csv', sep='')
  write.csv(ogfiles,filename)
},mainfolder = 1:length(og),ogfiles = og)

# write threshhold files
mapply(mainfolder = 1:length(ynames),filenames = ynames,FUN = function(mainfolder,filenames,ydata){
  lapply(filenames,function(x){
    filename <- paste('~/',mainfolder, '/threshhold/thresh mat ', x, '.csv', sep='')
    write.csv(ydata[[mainfolder]][[x]],filename)
  })
},MoreArgs = list(ydata = y))

每个 *apply 函数都可以是并行版本（如果您在 Windows 上，则为 mapply 的 clusterMAP）。除非内存是一个问题（我的计算机上大约有 100 个以上的起始矩阵），否则您不需要在计算下一个之前分别编写每个矩阵。在这种情况下，首先将起始矩阵写入磁盘，然后读取每个矩阵并进行处理可能是个好主意。

除了在最后一个映射中写入所有单独的阈值文件外，这几乎是即时的，最大为 100x100。并行化将最有帮助。

于 2016-02-16T22:45:58.170 回答