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我想上传一个 fastq 文件并使用 Rqc 包特别是 rqcQA 函数渲染一些图。

这是代码：

library(shiny)
library(Rqc)
  ui <- fluidPage(
    titlePanel("Uploading Files"),
    sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        fileInput('file1', 'Choose file to upload',
                  accept = c('.fastq')
        )
      ),
      mainPanel(
        plotOutput("plot1")
      )
    ))

  server <- function(input, output) {
      output$plot1 <- renderPlot({
        inFile <- input$file1
        if (is.null(inFile))
          return(NULL)
        # folder <- "D:/sample.fastq"
      rqcResultSet <- rqcQA(inFile$datapath, workers=1)
        rqcReadQualityBoxPlot(rqcResultSet)
      })
  }

  shinyApp(ui, server)

读取输入时出现错误：

'rqcQA'：FUN 中的错误（X[[i]]，...）：未检测到或支持文件格式：0

当我用变量替换时inFile$datapath，folder我没有收到任何错误：

folder <- "D:/sample.fastq"
rqcResultSet <- rqcQA(folder, workers=1)

我做了一些研究，我在 Github 中找到了源代码，detectFileFormat.R是包含指定类型格式的函数的文件。

任何帮助将不胜感激。

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1 回答 1

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问题是0当您将文件上传到闪亮并且未通过rqcQA文件测试时，该文件被重命名为。尝试运行：

file.rename(inFile$datapath,inFile$name)
rqcResultSet <- rqcQA(inFile$name,workers=1)

这只是将文件重命名为当前 wd 中的原始名称。

你也可以做

rqcResultSet <- rqcQA(FastqFile(inFile$datapath))

跳过文件检查。

于 2016-02-10T20:42:58.820 回答