我想知道是否有一种直接的方法可以将 CSV 文件的内容导入到记录数组中,就像 R's read.table()
、read.delim()
和read.csv()
family 将数据导入到 R 的数据框一样?
或者是使用csv.reader()然后应用类似的最好方法numpy.core.records.fromrecords()
?
我想知道是否有一种直接的方法可以将 CSV 文件的内容导入到记录数组中,就像 R's read.table()
、read.delim()
和read.csv()
family 将数据导入到 R 的数据框一样?
或者是使用csv.reader()然后应用类似的最好方法numpy.core.records.fromrecords()
?
您可以使用 Numpy 的genfromtxt()
方法来执行此操作,方法是将delimiter
kwarg 设置为逗号。
from numpy import genfromtxt
my_data = genfromtxt('my_file.csv', delimiter=',')
有关该功能的更多信息,请参见其各自的文档。
我会推荐图书馆的read_csv
功能:pandas
import pandas as pd
df=pd.read_csv('myfile.csv', sep=',',header=None)
df.values
array([[ 1. , 2. , 3. ],
[ 4. , 5.5, 6. ]])
这提供了一个 pandas DataFrame - 允许许多有用的数据操作函数,这些函数不能直接用于 numpy 记录数组。
DataFrame 是一种二维标记数据结构,具有可能不同类型的列。你可以把它想象成一个电子表格或 SQL 表......
我也会推荐genfromtxt
。但是,由于问题要求记录数组,而不是普通数组,因此dtype=None
需要将参数添加到genfromtxt
调用中:
给定一个输入文件,myfile.csv
:
1.0, 2, 3
4, 5.5, 6
import numpy as np
np.genfromtxt('myfile.csv',delimiter=',')
给出一个数组:
array([[ 1. , 2. , 3. ],
[ 4. , 5.5, 6. ]])
和
np.genfromtxt('myfile.csv',delimiter=',',dtype=None)
给出一个记录数组:
array([(1.0, 2.0, 3), (4.0, 5.5, 6)],
dtype=[('f0', '<f8'), ('f1', '<f8'), ('f2', '<i4')])
这样做的好处是可以轻松导入具有多种数据类型(包括字符串)的文件。
我尝试过这个 :
from numpy import genfromtxt
genfromtxt(fname = dest_file, dtype = (<whatever options>))
相对 :
import csv
import numpy as np
with open(dest_file,'r') as dest_f:
data_iter = csv.reader(dest_f,
delimiter = delimiter,
quotechar = '"')
data = [data for data in data_iter]
data_array = np.asarray(data, dtype = <whatever options>)
在大约 70 列的 460 万行上,发现 NumPy 路径耗时 2 分 16 秒,而 csv-list 理解方法耗时 13 秒。
我会推荐 csv-list 理解方法,因为它很可能依赖于预编译的库,而不是 NumPy 那样的解释器。我怀疑 pandas 方法会有类似的解释器开销。
您还可以尝试recfromcsv()
哪个可以猜测数据类型并返回格式正确的记录数组。
当我尝试使用 NumPy 和 Pandas 两种方法时,使用 pandas 有很多优点:
这是我的测试代码:
$ for f in test_pandas.py test_numpy_csv.py ; do /usr/bin/time python $f; done
2.94user 0.41system 0:03.05elapsed 109%CPU (0avgtext+0avgdata 502068maxresident)k
0inputs+24outputs (0major+107147minor)pagefaults 0swaps
23.29user 0.72system 0:23.72elapsed 101%CPU (0avgtext+0avgdata 1680888maxresident)k
0inputs+0outputs (0major+416145minor)pagefaults 0swaps
from numpy import genfromtxt
train = genfromtxt('/home/hvn/me/notebook/train.csv', delimiter=',')
from pandas import read_csv
df = read_csv('/home/hvn/me/notebook/train.csv')
du -h ~/me/notebook/train.csv
59M /home/hvn/me/notebook/train.csv
使用 NumPy 和 pandas 的版本:
$ pip freeze | egrep -i 'pandas|numpy'
numpy==1.13.3
pandas==0.20.2
一个很简单的方法。但它要求所有元素都是浮动的(int等)
import numpy as np
data = np.loadtxt('c:\\1.csv',delimiter=',',skiprows=0)
您可以使用此代码将 CSV 文件数据发送到数组中:
import numpy as np
csv = np.genfromtxt('test.csv', delimiter=",")
print(csv)
这是最简单的方法:
import csv
with open('testfile.csv', newline='') as csvfile:
data = list(csv.reader(csvfile))
现在 data 中的每个条目都是一条记录,表示为一个数组。所以你有一个二维数组。它为我节省了很多时间。
我建议使用表格 ( pip3 install tables
)。您可以使用 pandas ( )保存.csv
文件,.h5
pip3 install pandas
import pandas as pd
data = pd.read_csv("dataset.csv")
store = pd.HDFStore('dataset.h5')
store['mydata'] = data
store.close()
然后,即使对于大量数据,您也可以轻松地以更少的时间将数据加载到NumPy 数组中。
import pandas as pd
store = pd.HDFStore('dataset.h5')
data = store['mydata']
store.close()
# Data in NumPy format
data = data.values
这项工作作为一个魅力......
import csv
with open("data.csv", 'r') as f:
data = list(csv.reader(f, delimiter=";"))
import numpy as np
data = np.array(data, dtype=np.float)
我试过这个:
import pandas as p
import numpy as n
closingValue = p.read_csv("<FILENAME>", usecols=[4], dtype=float)
print(closingValue)
适用于最新的 pandas 和 numpy 版本。
import pandas as pd
import numpy as np
data = pd.read_csv('data.csv', header=None)
# Discover, visualize, and preprocess data using pandas if needed.
data = data.to_numpy()
In [329]: %time my_data = genfromtxt('one.csv', delimiter=',')
CPU times: user 19.8 s, sys: 4.58 s, total: 24.4 s
Wall time: 24.4 s
In [330]: %time df = pd.read_csv("one.csv", skiprows=20)
CPU times: user 1.06 s, sys: 312 ms, total: 1.38 s
Wall time: 1.38 s