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我有一个bowtieIndex(bowtieBuildLocation, filename)调用 bowtie2-build 的函数。它的参数是我系统上的 bowtie2-build 位置和输出文件名。

如何在不硬编码 bowtie2-build 位置的情况下为此功能编写测试？

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如果您在函数内部所做的只是调用外部程序，那么您无法测试它是否直接有效。如果没有代码本身，这很难具体回答，但如果，例如，bowtieIndex调用system以运行外部程序，您可以模拟system会做什么，假装它工作或失败。查看testthat::with_mock.

以下是三个例子。第一个参数是将要执行的新代码，而不是真正的system函数。如果您想做非常具体的事情，system调用函数的参数在函数定义中可以正常使用。我发现重复测试比编写复杂的替换函数更容易。第二个参数中的所有内容，代码块 { }，都在一个只看到替换系统函数的上下文中执行，包括所有嵌套函数调用。在此代码块之后，with_mock函数退出并且 realbase::system自动回到作用域中。可以模拟哪些函数有一些限制，但是可以覆盖数量惊人的基本函数。

# Pretend that the system call exited with a specific error
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        stop("It didn't work");
    }, {
    expect_error( bowtieIndex( bowtieBuildLocation, filename ),
                  "It didn't work"
    )
})

# Pretend that the system call exited with a specific return value
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        return(127);
    }, {
    expect_error( bowtieIndex( bowtieBuildLocation, filename ),
                  "Error from your function on bad return value." )
    expect_false( file.exists( "someNotGeneratedFile" ))
})

# Pretend that the system call worked in a specific way
with_mock(
    `base::system`= function(...) {
        file.create("someGeneratedFile")
        return(0);
    }, {
    # No error
    expect_error( got <- bowtieIndex(bowtieBuildLocation, filename), NA )

    # File was created
    expect_true( file.exists( "someGeneratedFile" ))
})

# got variable holding results is actually available here, outside
# with_mock, so don't need to test everything within the function.
test_equal( got, c( "I", "was", "returned" ))
于 2016-03-02T23:47:54.727 回答