我的数据如下所示，有数百万行。可以将此文本复制到文本文件中，并在下面的示例中读取。
@HISEQ:104:C7Y3WACXX:4:1101:1307:1946 1:N:0:CGATGT
NTCCGGTAGTGTAGCAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACC
+
#0<FFFBBFBFFFFFIFIFIIIIIIIFIIIIIIIIIIIIIIIIFIIFIII
@HISEQ:104:C7Y3WACXX:4:1101:1356:1968 1:N:0:CGATGT
CGAGAGCTTTGAAGGCCGAAGTGGAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAAC
+
BBBFFFFFFFFFFFFFFFIIIBFFIIIIIFIIIIIIIIIIIIIFFFFFFF
我正在尝试阅读上面的文本并确定以 N、C、G 或 T 开头的字符串的长度。我通常会这样做：
f <- scan(filepath,nmax=8,what="character",sep="\n")
f1 <- f[grep("^[NAGCT]+",f)]
nchar(f1)
我将如何对ff包做同样的事情？
library(ff)
f <- read.table.ffdf(file=filepath,header=F,nrow=8,sep="\n")
我尝试了各种方法，但都没有奏效。