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我想使用 perl 在序列文件中查找模糊匹配，并返回字符串中的字符编号，在该字符串中找到给定数量的替换（假设 S = 2）。例如，如果我的输入文件是：

Name1
ACTGTGACCTTT
Name2
ACCTTTACTGTG
Name3
GACCTTTCTGTG
Name4
GCACCTTTTGTG
Name5
GCTACCTTTGTG
Name6
ACTGACCTTTTG
Name7
ACTGTACCTTTG
Name8
ACCTTTACCTTT
Name9
ACTGTGACTGTG

我的搜索查询是“ACCTTT”。

然后我希望我的输出是这样的：

Name1
6
Name2
0
Name3
1
Name4
2
Name5
3
Name6
4
Name7
5
Name8
0    6

我尝试使用 String::Approx 执行此操作，但此模块仅返回与查询匹配的数组的每个元素的第一个索引。此外，这个模块似乎有问题，即使我将插入和删除的数量设置为 0，并允许 2 次替换，它仍然会返回超过 2 次替换的匹配索引。

这是我正在使用的代码（以防我对此模块有什么不明白的地方）。

#!/usr/bin/perl -w

use String::Approx 'aindex';

my $input_fasta=$ARGV[0];
open(IN,"<$input_fasta") || die ("Error opening $input_fasta $!");
my $l = 0;
my @names;
my @seqs;
while (<IN>){
    if ($l % 2 == 0 ){
    push (@names, $_);
    }
    elsif ($l % 2 ==1) {
    push (@seqs, $_);
    }
    $l++;
}

my @hits = aindex("ACCTTT", ["I0", "D0", "S2"], @seqs);

$hl=0;

foreach (@hits){
    if ($_ != -1){
    print "$names[$hl]$_\n";
    $hl++
    }
    else {
    $hl++;
    }
}

但这只是返回：

Name1
6
Name2
0
Name3
1
Name4
1
Name5
1
Name6
0
Name7
5
Name8
0
4

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