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假设我在 ipython notebook 会话中在 Oracle JDK 1.8(内部版本 1.8.0_65-b17)上运行 Spark 1.6.0,该会话从以下行开始:

PYSPARK_DRIVER_PYTHON=ipython PYSPARK_DRIVER_PYTHON_OPTS=notebook pyspark --packages com.databricks:spark-xml_2.10:0.3.1z

所以我已经包含了 databricks spark-xml 包(https://github.com/databricks/spark-xml)。接下来我将对 pyspark 运行以下代码:

dmoz = '/Users/user/dummy.xml'
v=sqlContext.read.format('com.databricks.spark.xml').options(rowTag='Topic', failFast=True).load(dmoz)
print v.schema

其中 dummy.xml 包含 DMOZ 转储的这个小片段(http://rdf.dmoz.org/):

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<RDF xmlns:r="http://www.w3.org/TR/RDF/" xmlns:d="http://purl.org/dc/elements/1.0/" xmlns="http://dmoz.org/rdf/">
  <!-- Generated at 2016-01-24 00:05:51 EST from DMOZ 2.0 -->
  <Topic r:id="">
    <catid>1</catid>
  </Topic>
</RDF>

这可以针对我能够找到的任何验证器进行验证。结果是:

...

Py4JJavaError: An error occurred while calling o82.load.
: org.apache.spark.SparkException: Job aborted due to stage failure: Task 0 in stage 1.0 failed 1 times, most recent failure: Lost task 0.0 in stage 1.0 (TID 1, localhost): java.lang.RuntimeException: Malformed row (failing fast): <Topic r:id="">    <catid>1</catid>  </Topic>
    at com.databricks.spark.xml.util.InferSchema$$anonfun$3$$anonfun$apply$2.apply(InferSchema.scala:101)
    at com.databricks.spark.xml.util.InferSchema$$anonfun$3$$anonfun$apply$2.apply(InferSchema.scala:83)

...

它指的是这行代码:https ://github.com/databricks/spark-xml/blob/master/src/main/scala/com/databricks/spark/xml/util/InferSchema.scala#L101 。这显然是上面一些 javax.xml.stream 类引发的 XMLStreamException 的情况。

不幸的是,异常的细节被处理程序忽略了,所以我不知道该行到底出了什么问题。但是,从属性中删除名称空间(即r:id变为 just id)会使它消失。我觉得我遇到了一些常见的陷阱,只需要知道是哪一个。

UPD:我用调试语句编译了我自己的databricks lib jar,结果是,它是关于未绑定前缀的:

: org.apache.spark.SparkException: Job aborted due to stage failure: Task 0 in stage 1.0 failed 1 times, most recent failure: Lost task 0.0 in stage 1.0 (TID 1, localhost): javax.xml.stream.XMLStreamException: ParseError at [row,col]:[1,16]
Message: http://www.w3.org/TR/1999/REC-xml-names-19990114#AttributePrefixUnbound?Topic&r:id&r
    at com.sun.org.apache.xerces.internal.impl.XMLStreamReaderImpl.next(XMLStreamReaderImpl.java:596)

是什么原因,我该如何解决?

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正如您在https://github.com/databricks/spark-xml/issues/74中所述,这是一个错误和问题。

我可以通过以下运行重现您遇到的这个错误:

val testFile = "path-for-xml"
sqlContext.xmlFile(testFile, rowTag = "Topic").show()

控制台输出是

11:25:32.517 WARN com.databricks.spark.xml.util.InferSchema$: Dropping malformed row: <Topic r:id="">        <catid>1</catid>    </Topic>
root

我为此打开了一个 PR,https://github.com/databricks/spark-xml/pull/75

目前,我为这个库提交了一个 PR 以忽略命名空间,但可能需要一些选项来处理这个问题。

所以,无论如何,在下一个版本中读取 XML 文件是可能的,但我认为我们应该考虑一个更好的解决方案来处理命名空间。

于 2016-01-27T04:40:19.057 回答