我对 knitr 的某些行为感到有些困扰。工作示例应显示 4 个图，所有图均使用 2 种不同的绘图方法显示相同的数据。
前言：
\documentclass{article}
前两个图是使用 R-base 的 plot 命令制作的：
<<one.one,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
@
<<one.two,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=18,col='darkgray')
@
然后输出由（删除）给出：
对于与 ggplot2 相同的图，代码示例是：
<<two.one,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
library(ggplot2)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@
<<two.two,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red',shape=3)
test3
@
输出为（已删除）：
即使使用 tikzDevice 也不能解决我的问题。这个问题自去年 11 月以来就存在于我身上，至少在我记忆中是这样。我尝试通过阅读 Yihui Xie 的书来解决，使用了他网站上的示例，但失败了。
那么：有没有人遇到过同样的问题并提出了解决方案？即使是指向某个方向的提示也可能会有所帮助。
我的系统：
Win 7，MikTeX2.9（软件包更新于 2016 年 1 月 15 日），TeXstudio 2.10.6，R3.2.2（软件包更新于 2016 年 1 月 15 日）。
编辑：
根据 CL 的要求，我也立即更新了 R 和软件包。您可以在下面找到我的 MWE。使用 pch=20 时不显示数据点的问题；pch=19，只要我不明确选择图形设备，geom_point() 就会一直存在。使用tikzDevice并将绘图保存到 *.tex 时，会显示数据点。当将 dev='tikz' 放入块选项时，它们也会显示。其他图形设备似乎也可以工作。
MWE是：
\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{tikz}
\begin{document}
\begin{verbatim}
this chunk options:
fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'
\end{verbatim}
<<one.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'>>=
library(knitr)
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=18,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')
library(ggplot2)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red',shape=3)
test3
@
\begin{verbatim}
next chunk options:
three.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'
\end{verbatim}
<<three.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'>>=
require(tikzDevice)
tikz("three.one.tex",width=4.2,height=3)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')
dev.off()
tikz("four.one.tex",width=4.2,height=3)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
dev.off()
@
\input{three.one.tex}
\input{four.one.tex}
\begin{verbatim}
next chunk options:
five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis, dev='tikz'
\end{verbatim}
<<five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis',dev='tikz'>>=
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
abline(fit,lwd=1,col='red')
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@
\begin{verbatim}
next chunk options:
five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis, dev=c('png','pdf')
\end{verbatim}
<<seven.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis',dev=c('png', 'pdf')>>=
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
abline(fit,lwd=1,col='red')
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@
\end{document}
如果该问题无法重现，我将与它和平相处并忽略它。但如果它是可重现的，我很好奇解决方案会是什么样子。
除了测试之外，我还发现了另一个问题，我发现至少还有一个其他 TeX 用户也提到了这个问题：Knitr 和 LaTeX 包 xcolor 似乎并不是所有朋友中最好的。
再次感谢。