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我对 foreach 有一个我无法弄清楚的问题。以下代码在我尝试过的两台 Windows 计算机上失败,但在三台 Linux 计算机上成功,它们都运行相同版本的 R 和 doParallel:

library("doParallel")
registerDoParallel(cl=2,cores=2)

f <- function(){return(10)}
g <- function(){
    r = foreach(x = 1:4) %dopar% {
        return(x + f())
    }
    return(r)
}
g()

在这两台 Windows 计算机上,返回以下错误:

Error in { : task 1 failed - "could not find function "f""

但是,这在 Linux 计算机上工作得很好,并且在使用 %do% 而不是 %dopar% 时也工作得很好,并且对于常规的 for 循环也工作得很好。

变量也是如此,例如设置i <- 10return(x + f())替换return(x + i)

对于其他有同样问题的人,两种解决方法是:

1) 使用 .export 显式导入所需的函数和变量:

r = foreach(x=1:4, .export="f") %dopar% 

2)导入所有全局对象:

r = foreach(x=1:4, .export=ls(.GlobalEnv)) %dopar% 

这些变通办法的问题在于,它们对于一个大型的、积极开发的包来说并不是最稳定的。在任何情况下,foreach 都应该表现得像 for。

关于导致此问题的原因以及是否有解决方法的任何想法?


该功能适用​​的计算机的版本信息:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.5 (Final)

other attached packages:
[1] doParallel_1.0.10 iterators_1.0.8   foreach_1.4.3

该功能不起作用的计算机:

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

other attached packages:
[1] doParallel_1.0.10 iterators_1.0.8   foreach_1.4.3  
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2 回答 2

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@Tensibai 是对的。尝试doParallel在 Windows 上使用时,您必须“导出”不在当前范围内的要使用的功能。根据我的经验,我完成这项工作的方式是使用以下(编辑的)示例。

format_number <- function(data) {
  # do stuff that requires stringr
}

format_date_time <- function(data) {
  # do stuff that requires stringr
}

add_direction_data <- function(data) {
  # do stuff that requires dplyr
}

parse_data <- function(data) {
  voice_start <- # vector of values
  voice_end <- # vector of values
  target_phone_numbers <- # vector of values
  parse_voice_block <- function(block_start, block_end, number) {
    # do stuff
  }

  number_of_cores <- parallel::detectCores() - 1
  clusters <- parallel::makeCluster(number_of_cores)
  doParallel::registerDoParallel(clusters)
  data_list <- foreach(i = 1:length(voice_start), .combine=list,
                       .multicombine=TRUE, 
                       .export = c("format_number", "format_date_time", "add_direction_data"), 
                       .packages = c("dplyr", "stringr")) %dopar% 
                       parse_voice_block(voice_start[i], voice_end[i], target_phone_numbers[i])
  doParallel::stopCluster(clusters)
  output <- plyr::rbind.fill(data_list)
}

由于前三个函数不包含在我当前的环境中,doParallel因此在启动 R 的新实例时会忽略它们,但它会知道在哪里找到,parse_voice_block因为它在当前范围内。此外,您需要指定应该在每个新的 R 实例中加载哪些包。正如 Tensibai 所说,这是因为您没有运行 fork 进程,而是启动多个 R 实例并同时运行命令。

于 2016-01-07T14:26:29.433 回答
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不幸的是,当您使用以下方式注册时doParallel

registerDoParallel(2)

然后在 Linux 和 Mac OS X 上doParallel使用,但在 Windows 上使用隐式创建的集群对象。这通常会导致代码在 Linux 上工作但在 Windows 上失败,因为工作人员在使用时是主服务器的克隆,因为. 出于这个原因,我通常使用以下方法测试我的代码:mclapplyclusterApplyLBmclapplyfork

cl <- makePSOCKcluster(2)
registerDoParallel(cl)

确保我正在加载所有必要的包并导出所有必要的函数和变量,然后切换回以在支持它registerDoParallel(2)的平台上受益。mclapply

请注意,.packagesand.export选项在doParallel使用时会被忽略mclapply,但我建议始终使用它们以实现可移植性。


在函数中使用 foreach 的自动导出功能时,它的工作并不顺利,因为 foreach 对于自动导出的内容相当保守。自动导出在当前环境中定义的变量和函数似乎很安全,但由于 R 范围规则的复杂性,除此之外对我来说似乎有风险。

我倾向于同意您的评论,即您的两种解决方法对于积极开发的包来说不是很稳定,但是如果fg在 package 中定义foo,那么您应该使用 foreach.package选项将包加载到foo工作人员上:

g <- function(){
    r = foreach(x = 1:4, .packages='foo') %dopar% {
        return(x + f())
    }
    return(r)
}

即使它既不是由 foreach 隐式或显式导出,也将f在范围内。g但是,这确实需要它ffoo(而不是内部函数)的导出函数,因为工作人员执行的代码没有定义在 中foo,因此它只能访问导出的函数。(很抱歉以两种不同的方式使用“出口”一词,但很难避免。)

我总是很想听听像你这样的评论,因为我总是想知道是否应该调整自动导出规则。在这种情况下,我认为如果 foreach 循环由包中定义的函数执行,则集群工作人员应该自动加载该包而不需要该.packages选项。我将尝试对此进行研究,并可能将其添加到 and 的下一个版本doParalleldoSNOW

于 2016-01-07T16:47:37.373 回答