r - 按列名的子矩阵

Question

我有一个matrix带有行和列名的名称，并希望将其减少到submatrix某个行/列名。指定的名称位于~20值的字符串向量中，而矩阵具有55.000 rownames和805 colnames。我怎样才能在 R 中有效地做到这一点？

IFNGenes = c('TIMM10','UBE2L6','MX1','IF16','IFI44L','IFIT3','ISG15','OAS1','RSAD2','IFI44','OAS3','DOX58','HERC5','BATF2','LIPA','RSAD2.1')

subMatrix = theMatrix[,IFNGenes]
Error in theMatrix[, IFNGenes] : subscript out of bounds

Answer 1

如果我理解你的问题，你正在寻找这样的东西：

x <- matrix(1:100, 10)
rownames(x) <- LETTERS[1:10]
colnames(x) <- letters[1:10]
x[c("C", "F", "A"), c("d", "b", "e")]

你也可以这样做：

x[c("C", "F", "A"), c(4, 2, 5)]

如果使用矩阵中不存在的行名索引（colnames 相同），则会出现错误：

> x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)]
Error in x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)] : subscript out of bounds

您可以找到如下的索引：

r <- c("C", "F", "XX")
r[which(! r %in% rownames(x))]

对于您的数据，您必须测试：

IFNGenes[which(! IFNGenes %in% colnames(theMatrix))]