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我对 C++ 很陌生,但我习惯于使用 R 语言进行一些编码。几周前,我开始组装一个小型应用程序,该应用程序应该复制和重命名文件对 (.seq/.ab1)。DNA 测序仪分析的结果(手动重命名数百个将是一种实时浪费,特别是因为我们有带有新名称的列表)。

一切似乎都很好,但是新文件(那些复制的)在它们的名称中出现了一个“特殊字符”(就在文件类型之前),它看起来像一个空格,但它不是(我已经用空格替换了它,并且文件正确打开)。删除它后,该文件可以由其关联的应用程序打开,但使用它,应用程序会指责该文件已损坏。

问题似乎来自与 ostringstream::str 成员函数相关的代码,但老实说我不知道​​如何解决它。在我附加文件类型之前,我想知道它是否没有在那里插入空字符......

这是负责的代码部分。它从 2 列 csv 文件中获取旧名称和新名称,数据以“;”分隔。原始数据和新的(重命名的文件)数据保存在不同的目录中,这就是我需要在 for 循环中为每个文件路径创建一个字符串的原因。我打算稍后检查新旧文件内容,可能使用 memcmp。但首先我需要正确重命名它们。

我在使用 gcc 4.8.4 作为编译器的 Ubuntu 14.04(64 位)机器上。我已经为可能糟糕的编码和糟糕的英语道歉,我不是母语人士(实际上是作家)。

    fNew.open(filename);
    std::ostringstream oldSeqName (std::ostringstream::ate);
    std::ostringstream newSeqName (std::ostringstream::ate);
    std::ostringstream oldAb1Name (std::ostringstream::ate);
    std::ostringstream newAb1Name (std::ostringstream::ate);

    std::fstream log;
    time_t now = time(0);

    for (std::string nOld, nNew; getline(fNew, nOld, ';') && getline(fNew, nNew); )
    {
        std::cout << "Old Name: " << nOld << " -> New Name: " << nNew << std::endl;

        // Keep a log of the name changes
        log.open("NameChangesLog.txt", std::fstream::out | std::fstream::app);
        log << ctime(&now) << " - " <<  "Old Name: " << nOld << " -> New Name: " << nNew << std::endl;
        log.close();

        // Create old seq files paths string
        oldSeqName.str(nOld);
        oldSeqName << ".seq";
        std::string osn = "./Seq/" + oldSeqName.str();

        // Create new seq files paths string
        newSeqName.str(nNew);
        newSeqName << ".seq";
        std::string nsn = "./renamed/" + newSeqName.str();

        std::ifstream ifseq(osn, std::ios::binary);
        std::ofstream ofseq(nsn, std::ios::binary);

        ofseq << ifseq.rdbuf();

        ifseq.close();
        ofseq.close();

        // Create old ab1 files paths string
        oldAb1Name.str(nOld);
        oldAb1Name << ".ab1";
        std::string oan = "./Seq/" + oldAb1Name.str();

        // Create new abq files paths string
        newAb1Name.str(nNew);
        newAb1Name << ".ab1";
        std::string nan = "./renamed/" + newAb1Name.str();

        std::ifstream ifab1(oan, std::ios::binary);
        std::ofstream ofab1(nan, std::ios::binary);

        ofab1 << ifab1.rdbuf();

        ifab1.close();
        ofab1.close();

    }

    fNew.close();
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2 回答 2

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列表文件是在 Windows 机器上准备的吗?在这种情况下,它将具有 DOS 行结尾 ( \r\n),并且不太适合 Unix 上的 getline。你看到的字符很可能\rdos2unix确保在将列表文件提供给程序之前使用实用程序

于 2015-12-22T17:20:34.603 回答
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您可能忘记修剪从 返回的值getline,因此它们可能仍包含空格。应用程序可能难以识别空白。

于 2015-12-22T14:06:28.497 回答