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我有一个 GRanges 对象，我想扩展所有范围，例如两侧 1kb，因此每个范围将变得更长 2kb。这很奇怪，但我无法使用inter-range-methodsGenomicRanges 或 IRanges 来做到这一点。产生所需结果的一种方法是使用两次调整大小，首先扩展 5'，然后扩展 3'。但这当然是非常尴尬的。没有更直接的方法吗？请指教

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr <- resize(gr, fix='start', width=width(gr)+10)
gr <- resize(gr, fix='end', width=width(gr)+10)
gr
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4 回答 4

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GRanges 支持 - 和 + 等运算符

gr + 10

会成功的。

于 2017-01-12T21:16:29.480 回答
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这很简单。您可以使用start和end中的功能GenomicRanges。

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#       seqnames     ranges strand
#          <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#   [1]     chr1 [ 20,  29]      +
#   [2]     chr1 [120, 129]      +
#   -------
#   seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr) <- start(gr) - 10
end(gr) <- end(gr) + 10
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames     ranges strand
#         <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#  [1]     chr1 [ 10,  39]      +
#  [2]     chr1 [110, 139]      +
#  -------
#  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths
于 2015-12-17T11:14:40.883 回答
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三年后，但...

一种直接的方法是使用带有fix参数的 GRanges 的 resize 方法：

gr <- resize(gr, width = width(gr)+(desired_size*2), fix = "center")
于 2020-02-28T15:33:29.150 回答
-1

您可以使用flank：

gr <- flank(gr, width=10, both=TRUE)
于 2021-08-03T14:21:05.327 回答