r - 在 Vegan Package 中使用 Specpool 时出现错误消息

Question

我正在尝试计算站点列表的物种丰富度和 chao。但是我不断收到此错误消息：

Error in if (a2 > 0) var.chao[is] <- a1 * ssc * (0.5 + ssc * (1 + aa/4) *  : missing value where TRUE/FALSE needed

我不完全确定错误消息试图暗示什么。Specpool 在尝试查找某个国家/地区的值（例如）时使用相同的数据集，而不是在我使用站点类别时。

如果需要，我可以提供数据集。

有人有什么想法吗？

Answer 1

您有一些案例，每个班级有一个抽样单位。该specpool函数基于采样单元集合中的​​存在/不存在数据和物种频率的数量。只有一个站点，您不能只有频率 = 1，并且一些指数（Chao，二阶折刀）需要双胞胎的数量（= 在两个采样单元中出现的物种数量）。虽然无法从 中的单个采样单元估计外推的丰富度specpool，但应顺利处理此类情况。vegan的 github 版本现在可以处理这些情况，我已计划在下周发布vegan 2.3-3 并进行此修复。一个采样单位的案例现在将返回所有指数的标准误差 = 0 的非外推观察到的物种数量。

您似乎有一个或两个采样单元的类。虽然可以估计两个采样单元的外推物种丰富度，但我不相信这样的外推：您需要更大的馆藏（如果您仔细阅读specpool文档和其中引用的文章，您可能会发现我们对这些外推不太信任一般来说）。

Answer 2

我发现了问题所在。我有一个站点，我只记录了一个物种，这使得 Chao 计算变得不可能。