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我正在使用 BioPython 通过 eutils API 查询 Pubmed 数据库。esearch端点有一个排序选项，但 API 文档没有列出该值的所有选项。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#_chapter4_ESearch_

示例调用：

Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_term, rettype=rettype, retmax=retmax,
               sort=sort_method)

我知道的价值观适用于sort_method：

  • '发布日期'
  • '关联'
  • “第一作者”
  • “最后一位作者”
  • '标题'
  • '杂志'

但是，我不确定如何指定默认排序顺序，即“最近”；实际上，这似乎是按 Pubmed ID 值排序的。'recent'、'most recent'、'pmid'、'id' 和 'default' 都给出了 OutputMessage “未知排序模式......”。

还有其他人知道如何明确指定默认顺序吗？

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2 回答 2

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不是 100% 确定我的问题是否正确。如果您未指定排序顺序，则将使用默认排序顺序。

handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term='TRPV1')
records = Entrez.read(handle)
print('\n'.join(records['IdList']))

将以与 PubMed 网页上相同的顺序为您提供 ID。

于 2016-06-17T16:24:38.483 回答
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它是sort='relevance'。如果您访问 PubMed 站点并sort=relevance在 url 中使用：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=dengue&sort=relevance&size=200它将使用站点上显示的 Best Match。当您使用时sort=pubdate，sort=date它将分别是发布日期和最近。

于 2020-07-14T19:12:19.130 回答