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我正在尝试从 bioconductor 安装“rpud”包:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rpud")

这正常执行,但随后列出了几个旧包依赖项,并询问我是否要更新它们:

Update all/some/none? [a/s/n]:

由于我将此提交到集群,因此我将无法响应此提示。有什么方法可以编写我的脚本,以便它对此提示响应“a”?

此外,如果我对上述提示回复“a”,我会收到另一个提示:

Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
'lib = "/opt/linux/centos/7.x/x86_64/pkgs/R/3.2.0/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

我也想对此回应“y”。

谢谢!

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