r - 如何使用 OPTICS 提取集群（R 包 - dbscan 或替代方案）

Question

这可能是 R 问题和算法问题的混合。问题是关于一般的光学和“dbscan”包中光学的 R 实现（https://cran.r-project.org/web/packages/dbscan/dbscan.pdf）

我从使用 DBSCAN 转向 OPTICS 的主要原因是我拥有的数据集具有可变密度集群，并且它们的形状不规则。OPTICS 生成可达性图，但对于我的用例来说，更有趣的部分是集群的提取。原始论文中描述了一些自动聚类提取，而不仅仅是 eps 的单个切点。（http://fogo.dbs.ifi.lmu.de/Publikationen/Papers/OPTICS.pdf）。

所以我的两部分qn：1）有没有办法以这种方式使用R包进行自动提取？2）是否有支持此功能的 OPTICS 实现（python，其他地方）？

Answer 1

1) 是的！dbscan 软件包具有提取具有可变密度的光学集群的功能。 ?dbscan::extractXi()

extractXi 在 Ankerst 等人 (1999) 中基于可达性图的陡度分层指定提取聚类。xi 参数的一种解释是它通过相对簇密度的变化对簇进行分类。使用的算法最初由 ELKI 框架提供，但包含一组修复。

有关方法和示例的详细描述，请参见https://cran.r-project.org/web/packages/dbscan/vignettes/dbscan.pdf