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我想通过 Uniprot 检索翻译后修改 (PTM) 数据bioservices，我正在使用以下脚本：

from bioservices import uniprot

u = uniprot.UniProt()

ptm = u.search("P38903", frmt="xls", include=True, columns="features")

并获得以下结果：

u'Features\nChain (1); Compositional bias (5); Modified residue (2); Sequence conflict (3)\n'

我想要的是“修饰残基（2）”的详细信息，即这些修饰是什么类型，位置是什么，（可选）引用也是如此。

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简短的回答是：你不能用生物服务来做到这一点。它不支持feature(MODIFIED RESIDUE)隐藏信息的列值。

但是您可以使用Uniprot API获取信息。以下 Python3 片段为您提供所需的信息：

import urllib.request
with urllib.request.urlopen('http://www.uniprot.org/uniprot/?query=P38903&format=tab&columns=feature(MODIFIED%20RESIDUE)') as response:
    mod_res = response.read().decode()

residues = mod_res.split('\n')[1].split(';')
for residue in residues:
    print(residue.strip())

输出：

MOD_RES 242 242 磷酸苏氨酸。{ECO:0000244|PubMed:17330950}。

MOD_RES 257 257 磷酸苏氨酸。{ECO:0000244|PubMed:18407956}。

于 2016-07-04T22:43:01.673 回答
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如果您希望获取feature(MODIFIED RESIDUE)列，请提供其名称，如下所示：

from bioservices import UniProt
u = UniProt()
ptm = u.search("P38903",frmt ="xls", include =True, columns="feature(MODIFIED RESIDUE)")

刚刚用 1.7.5 版测试过

免责声明：我是生物服务的主要作者

于 2020-06-15T11:34:08.017 回答