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这是我不久前提出的上一个问题的后续,该问题最近得到了回答。

我已经建立了几个gbm模型dismo::gbm.step,这些模型依赖gbm于 R 包中的拟合函数gbm,以及 R 包中的交叉验证工具splines

作为我分析的一部分,我想使用 R 中可用的一些图形工具(例如透视图)来可视化数据中的成对交互。gbmdismo包都具有检测和建模数据交互的功能。

dismoElith et 中解释了其中的实现。al ( 2008 ) 并返回一个统计数据,该统计数据表明模型预测偏离预测变量的线性组合,同时将所有其他预测变量保持在其平均值。

中的实现gbm使用 Friedman 的 H 统计量 ( Friedman & Popescue, 2005 ),并返回不同的度量标准,并且也没有按其平均值设置其他变量。

建模和绘制的交互dismo::gbm.interactions非常棒,并且提供了非常丰富的信息。但是,我也想使用gbm::interact.gbm,部分是为了发表强度,也是为了比较两种方法的结果。

如果我尝试gbm::interact.gbmgbm.objectcreated with中运行dismo,则会返回错误...</p>

"Error in is.factor(data[, x$var.names[j]]) : 
  argument "data" is missing, with no default"

我知道dismo::gmb.step添加了作者认为对gbm model.

我也明白我的问题的答案在源代码的某个地方。

我的问题是...

  1. 是否可以修改在gbm中创建的对象dismo以在中使用gbm::gbm.interact?如果是这样,这将通过......

    一个。修改gbm创建的对象dismo::gbm.step

    湾。修改源代码gbm::interact.gbm

    C。做别的事?

我将通过源代码尝试自己解决这个问题,如果我在任何人回答之前提出解决方案,我将回答我自己的问题。

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1 回答 1

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gbm::interact.gbm函数需要数据作为参数interact.gbm <- function(x, data, i.var = 1, n.trees = x$n.trees)

本质上dismo gbm.object与 相同gbm gbm.object,但附加了额外的信息,所以我不认为更改gbm.object会有所帮助。

于 2016-02-23T14:43:56.090 回答