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使用 Sam-tools Java API 如何获得 seq。在开始和结束之间，我正在编写以下方法，它会抛出 Exception 。此方法写入以从文件中获取序列。

方法在这里

private static List<SAMRecord> scan(String chromosome, int start, int end) throws IOException {
    List<SAMRecord> records = new ArrayList<SAMRecord>();
    CloseableIterator<SAMRecord> iter = null;
    try {
      iter = inputSam.query(chromosome, start, (start+70), containsbamRecord);
System.out.println("herer : Floe");
      SAMRecord s=iter.next();
      System.out.println("Value Of Start : "+start+"\t"+"VAlue of End : "+(start+70)+"Value Of iter : "+s.getSAMString());

      while (iter.hasNext()) {
        SAMRecord rec = iter.next();
           //System.out.println("Value Of Start : "+start+"\t"+"VAlue of End : "+end+"Value Of iter : "+rec.get);

        records.add(rec);
      }
      return records;
    } catch (Exception e) {
      throw new IOException(e);
    } finally {
      if (iter != null)
        iter.close();
    }
  }

这是发生堆栈跟踪异常

java.io.IOException: java.nio.BufferUnderflowException
    at WrapperMain.scan(WrapperMain.java:99)
    at WrapperMain.getDataforPosition(WrapperMain.java:119)
    at TzurLookupVariant.main(TzurLookupVariant.java:145)
Caused by: java.nio.BufferUnderflowException
    at java.nio.Buffer.nextGetIndex(Buffer.java:506)
    at java.nio.DirectByteBuffer.getInt(DirectByteBuffer.java:677)
    at net.sf.samtools.AbstractBAMFileIndex$MemoryMappedFileBuffer.readInteger(AbstractBAMFileIndex.java:455)
    at net.sf.samtools.AbstractBAMFileIndex.readInteger(AbstractBAMFileIndex.java:406)
    at net.sf.samtools.AbstractBAMFileIndex.query(AbstractBAMFileIndex.java:266)
    at net.sf.samtools.DiskBasedBAMFileIndex.getSpanOverlapping(DiskBasedBAMFileIndex.java:60)
    at net.sf.samtools.BAMFileReader.createIndexIterator(BAMFileReader.java:719)
    at net.sf.samtools.BAMFileReader.query(BAMFileReader.java:369)
    at net.sf.samtools.SAMFileReader.query(SAMFileReader.java:381)
    at WrapperMain.scan(WrapperMain.java:86)
    ... 2 more
java.lang.NullPointerException
    at WrapperMain.getDataPoint(WrapperMain.java:199)
    at WrapperMain.getDataforPosition(WrapperMain.java:129)
    at TzurLookupVariant.main(TzurLookupVariant.java:145)
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1 回答 1

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BufferUnderflowException 的 javadoc 说：

“当相对 get 操作达到源缓冲区的限制时引发未经检查的异常。”

因此，一般的解决方案是避免调用get其中没有更多数据的缓冲区。

如果没有看到您的代码的相关部分，我们不能比这更具体。

你说：

...算法是正确的...

这可能不是真的，至少在某种程度上是这样。

...当我创建新类并进行一些修改时，它会触发我异常，现在我删除创建的类，但它仍然抛出相同的异常 ....为什么 ????

>>something<< 很可能发生了变化。但是，您的问题的根本原因也可能是从那里开始的，并且您的应用程序的工作方式存在一些不确定性。

于 2015-10-17T05:59:44.297 回答