我被分配了一个以前没有编程经验的项目的任务。它要求使用 while 循环、增量和 boo 创建一个主题查找器。我相信我走在正确的轨道上,但非常不确定,因为我没有编程经验。任何人都可以帮助我找到我的错误并告诉我我需要做什么来纠正它们。再次,我是一个生物学家,被要求接受这个并且
gi|14578797|gb|AF230943.1| Vibrio hollisae 菌株 ATCC33564 Hsp60 (hsp60) 基因,部分 cds CGCAACTGTACTGGCACAGGCTATCGTAAGCGAAGGTCTGAAAGCCGTTGCTGCAGGCATGAACCCAATG GACCTGAAGCGTGGTATTGACAAAGCGGTTGCTGCGGCAGTTGAGCAACTGAAAGCGTTGTCTGTTGAGT GTAATGACACCAAGGCTATTGCACAGGTAGGTACCATTTCTGCTAACTCTGATGAAAACTGTAGGTAACAT CATTGCAGAAGCGATGGAAAAAGTAGGCCGCGACGGTGTTATCACTGTTGAAGAAGGTCAGTCTCTGCAA GACGAGCTGGATGTGGTTGAAGGTATGCAGTTTGACCGCGGCTACCTGTCTCCATACTTCATCAACAACC AAGAGTCTGGTTCTGTTGATCTGGAAAACCCATTCATCCTGCTGGTTGACAAAAAAGTATCAAACATCCG CGAACTGCTGCCTACTCTGGAAGCCGTCGCGAAATCTTCACGTCCACTGCTGATCATCGCTGAAGACGTA GAAGGTGAAGCACTGGCAACACTGGTTGTAAACAACATGCGTGGCATCGTAAAAGGGCAGCAGTT gi|14578795|gb|AF230942.1| damselae光杆菌菌株ATCC33539 Hsp60(hsp60)基因,部分cds GGCTACAGTACTGGCTCAAGCAATTATCACTGAAGGTCTAAAAGCGGTTGCTGCGGGTATGAACCCAATG GATCTTAAGCGTGGTATCGACAAAGCAGTAGTTGCTGCTGTTGAAGAGCTAAAAGCACTATCTGTTCCTT GTGCTGACACTAAAGCGATTGCTCAGGTAGGTACTATCTCTGCAAACTCTGATGCAACTGTGGGTAACCT AATTGCAAAAGCTATGGATAAAGTTGGTCGTGATGGTGTTATCACGGTTGAAGAAGGCCAAGCGCTACAA GATGAGTTAGATGTAGTTGAAGGTATGCAGTTCGATCGCGGTTACCTATCTCCATACTTCATCAACAACC AACAAGCAGGTGCGGTGGAGCTAGAAAGCCCATTTATCCTTCTTGTTGATAAGAAAATCTCTAACATCCG TGAGCTATTACCAGCACTAGAAGGCGTTGCAAAAGCATCTCGTCCTCTACTGATCATCGCTGAAGATGTT GAAGGTGAAGCACTAGCAACACTGGTTGTGAACAACATGCGCGGCATTGTTAAAGTTGCTGCTGTT
我需要一些帮助。
import re
#function parsing header for sequence
def fasta_splitter(x):
boo=0
seq = ""
i=0
while i < len(lines)
if line[0] ==">"and boo ==0
line[i] = header
boo = 1
i=1+i
elif line [i][0] ==">"
header=line[0]
seq=""
i=i+1
else
seq=seq+line[i]
print ("header" + "seq")
#open file and read file by command line
x=open('C:\\Python27\\fasta.py.txt','r+')
lines = x.readlines()
fasta_splitter(lines)
#split orgnaism details from actual bases
# not sure how to call defined function
re.search(pattern, string)
# renaming string seq to dna
seq ="x"
m = re.search(r"GG(ATCG)GTTAC",dna)
print "m"