r - 使用 FactoMineR 在个体因子图 (PCA) 上标记点

Question

我正在使用 FactoMineR 运行 PCA，并且似乎无法在个人因子图上标记各个点。我的数据集（“ExData.csv”）包含一个矩阵中的值，该矩阵有 13 行（标记为 A 到 M）和 10 列（标记为 N 到 W）。我正在运行以下内容：

mydata <- read.csv("ExData.csv",header=TRUE,row.names=1)
attach(mydata)

library(FactoMineR)
X <- cbind(N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W)
res.pca <- PCA(X)

当 PCA 运行时，我得到带有标记为 1-13 的点的个体因子图 (PCA)，而不是 A 槽 M。变量因子图 (PCA) 正确地标记了载荷 N 到 W。

如何正确标记个人因子图 (PCA) 图上的各个点（即 A 到 J）？

Answer 1

问题是您的矩阵X有列名但没有行名。因此，列标签出现在您的 PCA 图中，但您只需获取行索引作为图中观察值的标识，而不是行名称。

这是一个例子：

#install.packages("FactoMineR")
library(FactoMineR)
set.seed(1)

df <- data.frame(matrix(runif(13 * 10),
                        nrow = 13,
                        ncol = 10,
                        dimnames = list(LETTERS[1:13], LETTERS[14:23])))

attach(df)
X <- cbind(N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W)

此时rownames(X)是NULL并且PCA(X)只能使用行索引来识别其图中的观察值。

要解决此问题，只需将行名称添加到X传递给的矩阵中PCA()：

# restore row names
rownames(X) <- rownames(df)   # or something similar in your actual program
res.pca <- PCA(X)

结果如下所示：