我一直在使用以下代码来确定多样性(使用 vegan 包),并且进展顺利。为了使用 vegan 计算多样性,您必须创建一个仅按物种进行站点的数据框。然后您计算多样性,然后使用 dplyr 的 mutate 能够为您的原始数据框创建一个新列,即您的多样性指标。
final_corrected %>% select(eu_density, para_density, bleph_density, colp_density, rot_density, vort_density) -> final_speciesonly
H.protists <- diversity(final_speciesonly)
final_corrected %>% mutate(diversity = H.protists) -> final_diversity
我的问题是我尝试使用汇总数据集再次进行此分析,当我尝试进行变异时,会弹出一个错误:
summary_diversity[3:8] -> summary_speciesonly
H.protists.sum <- diversity(summary_speciesonly)
summary_speciesonly %>% mutate(diversity_sum = H.protists.sum) -> summary_diversity_total
错误:无法在变异中复制大小向量
当我查看 H.protists 和 H.protists.sum 之间的差异时,我发现 H. protists 是一个命名的 num 值,而 H.protists.sum 只是一个 num 值。这是每个标题:
header(H.protists)
1 2 3 4 5 6
0.3144922 0.8980537 0.8740576 0.2771206 0.5701381 0.3502690
header(H.protists.sum)
[1] 1.336860 1.331183 1.193013 1.192450 1.258912 1.412319
我认为这是我收到错误消息的原因,但我不知道如何解决它。帮助?