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我的理解是来自 Illumina HiSeq/MiSeq 平台的配对末端读取看起来像这样：

R1:
    AAAAAACCCCCC
R2:
    GGGGGGTTTTTT

R2 中的读数与 R1 中的读数相反。然而，对于我的测序数据，情况似乎并非如此。如果它有帮助，我可以从下面的 MiSeq 运行中获得一对读取。

R1:
@M01814:86:000000000-A6MU9:1:1101:15397:1339 1:N:0:2
TACTCGCACCTATCCGGCACAGCAACACCATCTGGGGCTGAATCGCAATAGCATCTCTCACTTCCTCCATATCAGATTGCTCAAGGCAAGCACTACGCTGCAGTGCCCTCCACTCCCAATTCCCTGATGCTGGTCGTAACTTGCCACACCA
+
>>AA?BBBBBFFGGG2EEEGFBGHHHGA2FGHBGHF2EE?GHGHHFFEEHDGHEFGF5FEEFBGHGBCB5FHHH5F553@434FF31G11??233B1/1/?333B?3FB?/B24B2/2B2?44?3?23333B223<>@0CB22@2@F0/?/

R2:
@M01814:86:000000000-A6MU9:1:1101:15397:1339 2:N:0:2
TAAGGGGCCTAGAACAGGCACCATACATTCAATTGGCTGTGGCAAGTAACAACCAGCATCAGGGAATGTGGAGTGGAGGGCACTGCAGCGAATTGCTTGCCTTGAACAATCTTATATGGGGGAAGTAGACGAACCAATGTGGAGTCAGCCC
+
>AA>>>ADDAFFGGGGG4FGGGFHFHFHHHFHHHB3B32EFBGGE25FGHHHHACEGG533BAGFFF355331BG1@1>EF1E23F333/>//134B43?F34B3334B334444?443B?/<C/23333////<0/<11111/?01?G0?
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简短回答：通常 R1 和 R2不是彼此的反向互补。

更长的答案： 反向读取以反向方式测序，但反向读取的内容不一定是正向读取的反向互补。大多数情况下，您想要测序的 DNA 片段比 MiSeq 实际可以测序的约 100bp（或高达 300bp，具体取决于来源）长得多。因此，对片段的末端进行了测序，您只知道正向和反向读取的序列以及它们之间的距离（如果我没记错的话，内部配对距离）。这张来自 Illumina 网站的图表显示了这一点。

假设您可以测序 10bp 并且想要测序长度为 25 的片段：

---r1---->
AAAAACCCCCGGGGGTTTTTAAAAA
               <----r2---

在这种情况下，您的内部配对距离为 5（读取之间的未测序碱基的 nr 个），您将无法获得有关读取之间序列的信息（在此示例中为所有 G）。如果您像这样分析较小的片段大小

---r1---->
AAAAACCCCCGGGGG
     <----r2---

你的读数重叠，你得到一个负的内配对距离。然后你会得到一些你所描述的冗余信息，但通常情况并非如此。

您可以在此处找到有关该方式的另一篇有用的文章。

我希望这有帮助。

于 2015-10-15T12:45:17.777 回答