java - htsjdk间歇性索引fasta读取错误

Question

我有一个间歇性地从 htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile 获取异常的问题：

htsjdk.samtools.SAMException：序列字典和索引包含不同数量的重叠群或 htsjdk.samtools.SAMException：无法获取...

问题是我一遍又一遍地调用相同的代码，只是间歇性地得到这个错误。

我认为错误消息实际上具有误导性，尤其是在序列字典响应的情况下。

Answer 1

我最终将此归结为线程中断异常。
该程序使用多个线程，每个线程都有自己的 fasta 阅读器实例。我重新设计了软件，这样我就不会在线程上调用中断并通过不同的机制关闭，但这需要很长时间才能找到。

回想起来也许很明显。

建议，htsjdk.samtools 应该尝试捕获中断异常，以便更容易追踪问题所在。