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试图在 Fedora 21、Python 2.7 上安装 Biopython。我做了以下

[mike@localhost Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython
You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting biopython
/usr/lib/python2.7/site-packages/pip/_vendor/requests/packages/urllib3/util/ssl_.py:79: InsecurePlatformWarning: A true SSLContext object is not available. This prevents urllib3 from configuring SSL appropriately and may cause certain SSL connections to fail. For more information, see https://urllib3.readthedocs.org/en/latest/security.html#insecureplatformwarning.
  InsecurePlatformWarning
  Downloading biopython-1.65.tar.gz (12.6MB)
    100% |████████████████████████████████| 12.6MB 33kB/s 
Installing collected packages: biopython
  Running setup.py install for biopython
Successfully installed biopython-1.65

接着

[mike@localhost Downloads](17:32)$ ipython
Python 2.7.9 |Anaconda 2.2.0 (64-bit)| (default, Mar  9 2015, 16:20:48) 

In [1]: import Bio
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-a7440e1156be> in <module>()
----> 1 import Bio

ImportError: No module named Bio

我究竟做错了什么？

编辑

我尝试使用安装 biopython

sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

并将其安装到 /usr/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg/ 中。没用。

然后我尝试使用相同的命令安装它，没有 sudo：

easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython

将其安装到 /home/mike/anaconda/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg

那行得通！对于 ipython 和 python。但是为什么它起作用了……？

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2 回答 2

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使用时应该非常小心pip，它与假定的 pipPython 解释器一起使用。

我看到您正在尝试Bio从通过键入ipython. 您可以确保您调用的pip正是这个解释器，如下所示：

sudo ipython -m pip install biopython

请注意，安装不是i python 独有的。然而，它是任何 Python 安装 ipython 安装在其之上的专有的。

于 2017-10-25T20:45:52.227 回答
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这不是一个好习惯sudo pip，因为它可能会在 root 权限下安装东西，这通常不会授予普通程序。

问题可能在于库路径。信息最丰富的工具将是

import sys
print (sys.path)

和

which python
pip --version

并用于pip install biopython --user替换sudo pip

于 2017-10-25T20:32:40.323 回答