我正在尝试在 Python 中进行不完整的 Cholesky 分解,但我找不到直接的 Python 包。
由于我可以在网上找到的大多数可用代码都是用 Matlab 编写的,所以我想绕道
- 将 matlab 代码编译为共享库(我使用的是 Mac OS 和 MATLAB_R2014a,所以它应该生成
.dylib
文件) - 使用 Ctypes 在 Python 中加载库
下面列出了详细的步骤:
0.下载Matlab源代码
代码可以从 F. Bach 的网页链接下载到 zip 文件,其中包含以下文件:
panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m csi.dll csi.mexglx csi_gaussian.dll csi_gaussian.mexglx readme.txt
csi.c csi.m csi_gaussian.c csi_gaussian.m demo_csi.m sqdist.m
1.将matlab代码编译成共享库
然后按照这篇文章,我运行命令:
mcc -v -W cpplib:libcsi -T link:lib csi
大约一分钟后,终端打印出来MEX completed successfully
,在我的文件夹中有
panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m csi.m csi_gaussian.dll demo_csi.m libcsi.exports readme.txt
csi.c csi.mexglx csi_gaussian.m libcsi.cpp libcsi.h sqdist.m
csi.dll csi_gaussian.c csi_gaussian.mexglx libcsi.dylib mccExcludedFiles.log
libcsi.dylib
我想要的共享库在哪里。
2.在Python中加载库
然后我打开IPython
并尝试加载库:
In [1]: import ctypes
In [2]: ctypes.C
ctypes.CDLL ctypes.CFUNCTYPE
In [2]: ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
---------------------------------------------------------------------------
OSError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-b6d0c1a91651> in <module>()
----> 1 ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
/Users/panc25/anaconda/lib/python2.7/ctypes/__init__.pyc in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
363
364 if handle is None:
--> 365 self._handle = _dlopen(self._name, mode)
366 else:
367 self._handle = handle
OSError: dlopen(libcsi.dylib, 6): Library not loaded: @rpath/libmwmclmcrrt.8.3.dylib
Referenced from: /Users/panc25/Downloads/csi-1.0/libcsi.dylib
Reason: image not found
即使我将文件名替换ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
为完整路径后,此问题仍然存在。
所以我很困惑。共享库在那里,但为什么 Python 说“找不到图像”?
顺便提一句
由于源代码也通过C实现mex.h
,所以我也尝试先创建一个.mex
文件,然后编译.mex
成共享库,如下:
panc:csi-1.0 panc25$ mex csi.c
它创建了csi.mexmaci64
文件。然后根据这个链接,我打电话给:
panc:csi-1.0 panc25$ mcc -B csharedlib:csi2 csi.mexmaci64
哪个产生了csi2.dylib
文件。
但是当我尝试在 Python 中加载它时,我遇到了同样的错误。
谁能让我知道出了什么问题?