r - R中基因组区域的维恩图

Question

您知道有时我们需要比较两个床文件的重叠或共享区域，确保我们可以逐步完成。任何人都可以分享一个R代码来为两个床文件做维恩图吗？

Answer 1

以下代码可以执行此类操作，但是在某些服务器中，无法创建和打开 tiff 文件。您可以在自己的笔记本电脑中使用此代码。

if(!require(VennDiagram)){source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("VennDiagram")}
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170),col=c("blue","red"),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_2set_simple.tiff");
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170, C = 101:200), col=c(1:3),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_3set_simple.tiff");

Answer 2

Acutally，Python 有一个用于床文件的维恩图的包，如下链接： http://pythonhosted.org/pybedtools/index.html