5

我编写了一个 python 脚本，它需要两个参数，当我在命令行上运行它时工作得很好：

pythonscript.py arg1 arg2

我需要在 SLURM 批处理脚本中运行它，但每当我这样做时，我都会收到“非法指令”错误和核心转储。这是我正在使用的脚本示例：

#!/bin/bash
# Set your minimum acceptable walltime, format: day-hours:minutes:seconds
#SBATCH --time=0-00:30:00

# Set name of job shown in squeue
#SBATCH --job-name pythonscript

# Request CPU resources
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1

# Memory usage (MB)
#SBATCH --mem-per-cpu=3000

# Use modules to set the software environment
module purge
module load python/2.7.8-gcc

pythonscript.py arg1 arg2

我花了很多时间试图找出导致核心转储的确切原因，这就是我缩小范围的原因。它仅在从批处理脚本运行时崩溃，并且仅在我尝试使用参数运行脚本时崩溃。当我修改它以不带参数运行时，它运行正常。谁能告诉我如何在 SLURM 脚本中将这些参数传递给我的 python 脚本？

4

3 回答 3

0

这似乎是一个愚蠢的问题，但 pythonscript.py 是可执行文件吗？

你也试过吗

python pythonscript.py arg1 arg2

或者，您可以更改

#!/bin/bash

至

#!/bin/python

或您要使用的 python 版本的适当路径。

于 2015-07-08T17:34:49.677 回答
0

我使用以下内容，并且可以添加任意数量的参数。

#!/bin/bash
#SBATCH --cpus-per-task=1        # number of cores

cd $SLURM_SUBMIT_DIR
pwd

python $SLURM_SUBMIT_DIR/python.py HumptyDumpty.txt newhumpty.txt ad.txt
于 2020-02-10T20:03:54.867 回答
0

问题是我的工作被发送到的节点。我设法使用以下命令检查了我的作业在哪个节点中运行而没有错误：

sacct --format=JobID,"AllocCPUS,Node,JobName%20,MaxVMSize,MaxRSS,ReqMem,Start,End"

我确定了正确的节点，然后在我的 .sh 中切换：

#SBATCH -w, --nodelist=compute124
于 2019-04-13T01:31:34.163 回答