我正在尝试使用 vegan 包的 specaccum 函数中的稀疏方法使用代码为两种不同的栖息地类型生成稀有物种积累曲线:
spa <- specaccum(Example, method = "rarefaction")
该函数适用于一个数据集,但不适用于产生此错误的另一个数据集:
Error in rarefy(t(freq), ind[i], se = TRUE) :
function accepts only integers (counts)
但是,数据的布局与其他数据集完全相同,当我调查数据框时,它说该物种的所有数据都是整数形式。
这是数据框的一小部分:
Site AA AB AC AD AE AF AG AH AI AJ AK AL
1.1 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0
1.2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
2.2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1
3.2 0 2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0
3.3 0 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0
4.1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
4.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.3 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0
5.1 0 1 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0
5.2 0 0 1 0 2 0 0 1 0 0 0 0
5.3 0 0 0 1 3 2 0 4 0 0 0 0
6.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.2 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0
6.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
地点是栖息地内的采样点,字母表示物种。我不确定为什么它适用于一组数据,而当它们都像这样布置时,另一组却不行。有人可以帮我理解吗?
谢谢