biopython - biopython 的 DSSP 类是否给出了氨基酸的相对溶剂可及性值？

Question

目前，我想使用 biopython 的 DSSP 模块获得蛋白质中氨基酸的相对溶剂可及性。我不确定输出是否具有 rsa（相对溶剂可及性）或是否需要计算？任何帮助，将不胜感激。谢谢。 

Answer 1

简短的回答：是的，确实如此。它输出每个残基类型的归一化。 https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/DSSP.py第44行

它按照 Sander & Rost, (1994), Proteins, 20:216-226 的说明进行标准化。问题是，这对你来说足够了吗？可能不是。请注意 biopython 代码不允许 RSA > 1，这是有道理的，但我会提出警告而不是默默地限制数字。

还有其他规范化它的方法。