bash - Bash：将 4 列文本交错行（制表符分隔的列转换为 FASTQ 文件）

Question

我需要将一个 4 列文件转换为每个条目 4 行。该文件是制表符分隔的。

当前文件按以下格式排列，每一行代表一个记录/序列（数百万行）：

@SRR1012345.1   NCAATATCGTGG    #4=DDFFFHDHH    HWI-ST823:136:C24YTACXX
@SRR1012346.1   GATTACAGATCT    #4=DDFFFHDHH    HWI-ST823:136:C22YTAGXX

我需要重新排列，使四列显示为 4 行：

@SRR1012345.1
NCAATATCGTGG
#4=DDFFFHDHH
HWI-ST823:136:C24YTACXX
@SRR1012346.1
GATTACAGATCT
#4=DDFFFHDHH
HWI-ST823:136:C22YTAGXX

这样做的最佳方法是什么，最好是使用 bash 单线？谢谢您的帮助！

score 4 · Accepted Answer

4

您可以使用tr：

< file tr '\t' '\n' > newfile

于 2015-06-20T23:56:45.540 回答

score 2 · Accepted Answer

2

在这里使用 awk 非常清楚：

awk '{print $1; print $2; print $3; print $4}' file

于 2015-06-21T00:01:04.960 回答

score 2 · Accepted Answer

$ awk -v OFS='\n' '{$1=$1}1' file
@SRR1012345.1
NCAATATCGTGG
#4=DDFFFHDHH
HWI-ST823:136:C24YTACXX
@SRR1012346.1
GATTACAGATCT
#4=DDFFFHDHH
HWI-ST823:136:C22YTAGXX

bash - Bash：将 4 列文本交错行（制表符分隔的列转换为 FASTQ 文件）

3 回答 3

Related

Reference