command-line - 向 LSF 提交长命令的最佳实践

Question

我正在使用bsubLSF 向集群提交作业。我的命令调用第三方软件并包含一长串文件以及其他参数（大约 8000 个字符）。

直接提交这么长的命令是否安全，或者它们会被截断？我应该将命令保存到文件然后调用bsub sh command.sh吗？

提交如此长的命令的最佳做法是什么。

谢谢

Answer 1

LSF（据我所知）没有特别的限制可以完全截断整个命令行。但是，您可能需要考虑一些事项：

1. 您在其中运行命令的 shellbsub可能会对您可以提交的命令的总长度施加限制。这通常由操作系统限制控制，互联网上有很多关于它的问题。 这是一个示例，它显示了确定系统限制的几种方法。如果链接断开，那里的最佳答案是建议xargs --show-limits，而另一种方法是检查getconf ARG_MAX
2. 接受字符串作为输入的某些bsub选项可能对可以传递给它们的字符串长度有限制。例如，该-R选项可以接受 512 个字符的字符串——在大多数情况下，如果参数太长，我相信 LSF 会拒绝该工作（但我不能确定是否所有这些都是这种情况）。