r - 如何在 R 的压缩文件中提取和读取 bzip2ed hdf5？

Question

我想读取压缩文件中的 hdf5 文件。这里的问题是这个 hdf5 文件也被双压缩为 bzip2ed (.bz2) 文件。

请参考下图。

压缩文件是"g2_BIOPAR_SWI_201012250000_GLOBE_ASCAT_V2_0_0.ZIP".

目标 bz2 文件是"g2_BIOPAR_SWI_201012250000_GLOBE_ASCAT_V2_0_0.h5.bz2".

有人可以告诉我一些如何做的提示或指导吗？

Answer 1

看看这个问题：

在R中提取bz2文件

它解释了如何读取.bz2文件，我认为最后一个答案适合您；或只需键入?bzfile. 之后对于 hdf5 文件，您可以查看 Bioncoductor 的 rhdf5 包；链接在这里：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/rhdf5.html