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我有一些来自毒性试验的数据。我的响应变量是Plutei，它是收集的正常形状幼虫（6 个重复）的数量：

  • 来自 2 个不同的物种
  • 在一年中的 5 个不同时间
  • 在 3 个不同的站点。

我用以下方法处理过这种幼虫：

  • 3种不同的金属
  • 每一种都有 6 种不同的浓度（分析毒性）。

我想评估我测量的响应中每个因素（及其相互作用）的重要性Plutei，并且我想用包中的adonis函数来做vegan，版本 2.2-1。

我创建了一个这样的数据框：

Time  Species        Site       Metal  Concentration  Plutei  Replicates
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      78           1
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      78           2
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      77           3
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      80           4
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      80           5
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                60      79           6
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                70      70           1
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                70      69           2
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                70      70           3
T1    Paracentrotus  Antignano  Zn                70      71           4

这是str(mydata)：

str(mydata) 'data.frame': 3241 obs. of 7 variables:
 $ Time : Factor w/ 6 levels "T1","T2","T3",..: 6 1 1
 $ Species : Factor w/ 3 levels "Arbacia","Paracentrotus",..: 3 2
 $ Site : Factor w/ 4 levels "Antignano","Chioma",..: 4 1
 $ Metal : Factor w/ 4 levels "Cd","Cu","Metal",..: 3 4
 $ Concentration: Factor w/ 23 levels "100","100/70",..: 23 15 1
 $ Plutei : Factor w/ 90 levels "0","1","10","11",..: 90 77 77 76
 $ Repl : Factor w/ 7 levels "1","2","3","4",..: 7 1 2 3 4 5 6 1 2 3 ...

当我尝试运行该adonis功能时，

perm <- adonis(Plutei ~ Time * Species * Site * Metal, data = mydata, permutations = 999)

我收到这条消息：

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 
  'x' must be an array of at least two dimensions

我究竟做错了什么？

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