perl - 如何使用 perl 脚本获取在 slurm 上提交的作业的作业 ID 号？

Question

我有两个工作，jobA.sh 和 jobB.sh。我希望 jobB.sh 在 jobA.sh 成功完成后启动。为此，我必须获取jobA.sh 的jobid 编号。但是我的代码的以下部分是有问题的。我的代码给出了以下错误。该错误意味着 jobB.sh 没有启动。代码无法获取jobA.sh 的jobid 号。如何获取jobA.sh的jobid号？

错误：

提交批处理作业 298784 sbatch：错误：批处理作业提交失败：作业依赖问题

该代码正确提交了 jobA.sh，但它为 jobB.sh 提供了上述错误。

my $jobidA=0;
my $jobs = "sbatch jobA.sh";
system $jobs || die "Error:\n$jobs\nerror";
# I think the following line captures jobid?
($jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/); 
# And the following line stores jobid?
my $jobidA = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobidA $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";

Answer 1

我分别测试了以下代码部分。他们都还好。你可以使用它们。

如果 jobB 依赖于 jobA，您可以将以下部分添加到您的代码中。它经过测试。

my $jobid1 = 0;
my $jobs = `sbatch jobA.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid1 = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobid1 $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";

以下示例具有三个依赖于先前提交的作业的作业。这也被测试了。

my $jobid1 = 0;
my $jobs = `sbatch jobA.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid1 = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = `sbatch --dependency=afterok:$jobid1 $jobB.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid2 = $1;

my $jobs3 = "$path/jobC.sh";
my $jobs3 = "sbatch --dependency=afterok:$jobid2 $jobC.sh";
system $jobs3 || die "Error:\n$jobs3\nerror";

Answer 2

如果要捕获 sbatch 命令的输出，则不能使用系统，而必须使用反引号来捕获输出。使用（未经测试的代码）：

my $jobidA=0;
my $jobs = "sbatch jobA.sh";
my $output = `$jobs`
($jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/); 

$jobidA = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
$jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobidA $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";