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我正在使用 iGraph 在 R 中制作网络图。我首先使用 tkplot() 绘制它，以便我可以手动重新定位一些节点。然后我捕获新坐标，然后将它们插入绘图函数中以重新绘制图形以及其他调整（更改节点的不透明度）。

问题是即使使用 tkplot.coords 坐标，第二张图看起来也不像 tkplot。相反，一些箭头出现在边缘的中间而不是末端，并且节点紧密聚集和重叠，即使 tkplot 不是这种情况。关于如何让 plot() 函数完全模仿使用 tkplot() 生成的图的任何建议？

我正在使用 R Studio，所以我想知道是否存在转换问题。

我的简化代码如下：

    Net1 <- graph.data.frame(myedgedata, vertices=nodeslist, directed=TRUE)
    g <- graph.adjacency(get.adjacency(Net1), weighted = TRUE)
    E(g)$weight <- E(g)$weight+1
    tkplot(g)
    coords <- tkplot.getcoords(1)
    plot(g, edge.width=E(g)$weight, vertex.color = adjustcolor(nodeslist$colors, alpha=.5), layout=coords)
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