regex - 使用 grepl 在 R 中进行模式匹配

Question

我有一个dat这样的数据框

P pedigree cas 1 M rs2745406 T 2 M rs6939431 A 3 M SNP_DPB1_33156641 G 4 M SNP_DPB1_33156664_G P 5 M SNP_DPB1_33156664_A A 6 M SNP_DPB1_33156664_T A

我想排除列以 G、C、T 或 A ( )pedigree开头和结尾的所有行。在这种情况下，这将是第 4、5、6 行。SNP__[GCTA]

我怎样才能在 R 中实现这一点？我努力了

multisnp <- which(grepl("^SNP_*_[GCTA]$", dat$pedigree)=="TRUE")

new_dat <- dat[-multisnp,]

我的multisnp向量是空的，但我不知道如何修复它以匹配我想要的模式。我认为这是我的通配符*使用错误。

Answer 1

您可以使用以下内容.*?（以非贪婪方式匹配所有内容）：

multisnp <- which(grepl("^SNP_.*?_[GCTA]$", dat$pedigree))
                              ^^^

Answer 2

你可以dat像这样子集

new_dat <- dat[!grepl("^SNP_.*_[GCTA]$", dat$pedigree), ]

关于您尝试过的代码，我不确定它grepl("^SNP_*_[GCTA]$")是否会在没有错误的情况下完成，因为您没有将x向量传递给grepl. 有关?grepl更多信息，请参阅。