imagej - 计算表面并存储为 Excel 文件

Question

我是 imageJ 的新手，我正在尝试分析几个图像：我有一个代码可以分析目录中一组图像的颜色阈值并将它们分别存储：

input = "/m_3/ImageJ/test_folder/";
output = "/m_3/ImageJ/finished2/";

function action(input, output, filename) {
    open(input + filename);
run("Set Scale...", "distance=872 known=9 pixel=1 unit=cm");
run("Color Threshold...");
// Color Thresholder 1.48v
// Autogenerated macro, single images only!
.
.
.
// Colour Thresholding-------------

saveAs("Jpeg", output + filename);
        close();
    }

setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++)
        action(input, output, list[i]);
setBatchMode(false);

现在我想计算新保存图像的面积，这应该与函数 measure..

run("Measure");

如何将计算存储在 .xls 或 .csv 文件中？是否也可以计算一个目录中所有文件的面积并将结果存储在一个 .xls 或 .csv 文件中？

Answer 1

在 Fiji wiki 上查看如何将常用操作应用于完整目录的说明。您可以打开每个新保存的图像、设置阈值、测量和关闭每个图像，如下所示：

open("/path/to/your/image.jpg");
setAutoThreshold("Default");
run("Measure");
close();

并将该代码粘贴到脚本编辑器的Process Folder模板（Templates > IJ1 Macro > Process Folder ）中。

之后可以通过File > Save As...将结果表保存为.xls文件，或者：

saveAs("Results", "/path/to/your/file.xls");