r - GenABEL：植物 GWAS 中缺少性别“NA”

Question

我想在二倍体植物物种中将 GenABEL 用于 GWAS，但 GenABEL 坚持下去，因为它需要 pheno 文件中的“性别”列。男性填写“1”，女性填写“0”。但我正在研究一种植物物种。我该怎么办？

R中的错误：

impute <- load.gwaa.data(phe="traits.dat", gen="gen0tped.raw", force=TRUE)

if (length(a) == 1 && !(names(a)[1] == 0 || names(a)[1] == 1)) stop("名为 \"sex\" 的列包含错误1 个既不是 0 (=female) 也不是 1 (=male)") 的代码：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

Answer 1

从详细信息部分?load.gwaa.data：

表型文件的第一列必须包含受试者的唯一 ID，名为“id”；还应该有一个名为“sex”的列并提供性别信息（0 = 女性，1 = 男性）。文件中的其他列应包含表型信息。缺失值应使用“NA”编码

因此，请尝试将sex每个值都包含为NA.

此外，请联系维护者 ( packageDescription("GenABEL", fields = c("Maintainer", "BugReports"))) 解释 GWAS 可以在与性别无关的事情上进行。