r - p.adjust 与 n < 比测试次数

Question

我想p.adjust在 R 中应用函数，其中n< p 值的数量。独立测试的实际数量低于 p 值的数量，因为它来自具有连锁去平衡 Desequilibrium 的基因组数据（独立测试的有效数量，Meff）。

但是，该p.adjust功能不允许它：number of comparisons, must be at least length(p).

有人知道如何在函数或其他通用函数中更改此默认值以完成类似的工作吗？谢谢！

遵循的步骤：

1 - 3242 个测试标记 = 3242 个 p 值

2 - 推断 Meff 为：1096（http://simplem.sourceforge.net/程序）

现在我需要根据 Meff 估计校正后的阈值或校正的 p 值。

我不确定哪种多重测试校正策略更适合或如何在我的数据中应用它。

Answer 1

编码：

  p.adjust # typed at command line prints out the code
  # copy the body of the function

...真的很简单，而且都是R。只需重新定义一个注释掉该stopifnot()行的函数：

my.p.adj <- function (p, method = p.adjust.methods, n = length(p)) 
 # paste the body and edit this:
....
p <- p[nna]
lp <- length(p)
# stopifnot(n >= lp)
if (n <= 1) 
....  # hit enter