我正在尝试向 slurm 提交一个在输入文件上运行 m4 的脚本。m4 安装在我们的集群上,如果我自己运行脚本,一切都会按预期工作。但是,当我通过 slurm 脚本向 slurm 提交运行时,我得到一个错误。
这是我要运行的脚本(名为 m4it.sh)。
[请注意,我正在打印 PATH 和 SHELL 以尝试调试。]
#!/usr/bin/env bash
echo "Beginning m4it.sh"
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
m4 file.m4 > fileout.txt
这是我的 slurm 脚本:
#!/usr/bin/env bash
#
#SBATCH --job-name=m4it
### Account name (req'd)
#SBATCH --account=MyAccount
### Redirect .o and .e files to the logs dir
#SBATCH -o m4it.out
#SBATCH -e m4it.err
#
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:01:00
#SBATCH --mem-per-cpu=125
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
echo "running m4it.sh"
echo
./m4it.sh
成功提交到 slurm 通过
sbatch m4it.slurm
当它执行时,我的 m4it.err 日志文件中出现以下错误:
./m4it.sh: line 8: m4: command not found
PATH 和 SHELL 变量(由 m4it.slurm 和 m4it.sh 脚本打印到 m4it.out)是相同的。当我登录时,PATH 包含我的 PATH,而 SHELL 是 /bin/bash,正如预期的那样。
即使我在 PATH 中的目录中包含指向 m4 可执行文件的符号链接,我仍然会收到此错误。此外,问题不只是 m4。该脚本会将命令“apropos”报告为未知命令,即使它在命令行上运行良好。该脚本可以“cd”和“ls”就好了。
我已经检查了读/写/执行权限。
ls -ld / /usr /usr/bin /usr/bin/m4
产生以下结果:
dr-xr-xr-x. 30 root root 4096 Apr 8 11:11 /
drwxr-xr-x. 14 root root 4096 Feb 17 20:24 /usr
dr-xr-xr-x. 2 root root 36864 Apr 29 11:14 /usr/bin
-rwxr-xr-x 1 root root 212440 Jun 3 2010 /usr/bin/m4
似乎 m4it.sh 脚本在其上执行的节点与前端节点不同,并且没有遇到某种信息(环境变量或路径)。我还尝试使用参数 --export=ALL 导出所有设置,如下所示:
sbatch m4it.slurm --export=ALL
但这也不起作用(结果相同)。有人可以在这里帮忙吗?