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我正在尝试在没有 Internet 连接的 CentOS Linux 机器上安装 R 包nloptr ，如下所示：

install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")

该命令依次在线查找以下文件

http://ab-initio.mit.edu/nlopt/nlopt-2.4.2.tar.gz

但是，这失败了，因为没有与机器的互联网连接。

我尝试了以下stackoverflow帖子中的建议：

在 Ubuntu 上本地安装 nloptr 的问题

我更改了 configure 和 configure.ac 文件中的 URL，如下所示：

NLOPT_URL="file:///home//ravi//${NLOPT_TGZ}"

但是，当我尝试再次安装该软件包时出现以下错误：

> install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
* installing *source* package 'nloptr' ...
files 'configure', 'configure.ac' have the wrong MD5 checksums
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz",  :
  installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status

有人可以指导我如何在本地安装这个 R 包吗？

更新 1

根据 Dirk 关于首先安装 nlopt 的建议，我按照以下页面中的说明进行操作：

http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Installation

我安装 nlopt 如下：

./configure --enable-shared
make
make install
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/lib

当我尝试在 R 中重新安装 nloptr 时，它不再寻找 nlopt 链接，而是抛出以下错误：

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared object '/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so':
  /opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so: undefined symbol:   nlopt_set_maxtime
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz",  :
  installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit     status

更新 2

正如 Dirk 所建议的，我查看了 ldconfig 命令并使用了以下参考：

http://codeyarns.com/2014/01/14/how-to-add-library-directory-to-ldconfig-cache/

我编辑了 /etc/ld.so.conf 文件，添加了包含共享库的目录 /usr/local/lib 并运行了 ldconfig 命令。这添加了相关的共享库，如下所示：

libnlopt.so.0 (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so.0
libnlopt.so (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so

但是，当我尝试重新安装 nloptr 包时，我仍然得到相同的共享对象错误。

有人可以指导我解决共享库错误吗？

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8 回答 8

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当您说[t] 他的命令依次在线查找以下文件时，您只会得到一半。我与实际 nloptr 包的维护者 Jelmer 一起修改了该包以执行以下操作：

  • 查找安装 libnlopt 库，如果找到，请使用它
  • 如果没有找到回退到旧行为并下载库

所以你可以简单地通过安装 nlopt

 sudo apt-get install libnlopt-dev

（或sudo dpkg -i /media/....从 USB 驱动器等 pp 指向文件的等效文件），然后重新安装nloptr包。它会起作用的。在我的机器上：

edd@max:~$ install.r nloptr         ## install.r is in littler
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/nloptr_1.0.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 353942 bytes (345 KB)
==================================================
downloaded 345 KB

* installing *source* package ‘nloptr’ ...
** package ‘nloptr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether g++ accepts -g... (cached) yes
checking for pkg-config... yes
configure: Now testing for NLopt header file.
[...]
checking for nlopt.h... yes
configure: Suitable NLopt library found.
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic  -c dummy.cpp -o dummy.o
gcc -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -O3 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99 -c nloptr.c -o nloptr.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o nloptr.so dummy.o nloptr.o -lnlopt -lm -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/nloptr/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (nloptr)

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/downloaded_packages’
edd@max:~$

注意它是如何从找到 nlopt 安装的实际 R 包中只编译两个文件的。

于 2015-04-18T11:55:53.813 回答
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我在没有直接 Internet 访问的生产机器上使用 Red Hat Enterprise Linux Server 版本 6.6 (Santiago) 时遇到了完全相同的问题。上面提出的修复不起作用：在系统上安装 nlopt 库时，随后尝试安装 nloptr 失败并出现“nlopt_set_maxtime”错误。我试图摆弄 nlopt 的编译选项，但无济于事。我什至在具有 Internet 连接的 Ubuntu 机器上重现了该问题：我卸载了 nloptr，在系统上安装了 nlopt，然后 nloptr 安装失败。

最后我通过以下步骤解决了这个问题：

  1. 从操作系统中卸载 nlopt（确保已彻底删除）。
  2. 手动下载 nlopt-2.4.2.tar.gz 并复制到 /tmp/
  3. 手动下载nloptr_1.0.4.tar.gz到一个工作目录并解压；这将创建目录“nloptr/”。

  4. 编辑“nloptr/configure”，注释掉该行

    $("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e "download.file(url='${NLOPT_URL}', destfile='${NLOPT_TGZ}')")

    并插入一个新行：

    $("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e "file.copy(from='/tmp/nlopt-2.4.2.tar.gz', to='${NLOPT_TGZ}')")

  5. 使用“R CMD INSTALL nloptr”安装。

于 2015-05-05T07:58:39.990 回答
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我在 Ubuntu 上遇到了类似的问题。除了按照Dirk 的回答安装 nlopt-dev 之外，我还必须安装 pkg-config：

sudo apt-get install pkg-config

希望这可以帮助。

于 2016-09-20T15:15:00.290 回答
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如果您在 CentOS 上（并且可以访问互联网，但无法访问 nlopt 服务器），您可以nlopt先使用安装

yum install nlopt nlopt-devel

然后就可以nloptr正常安装了。

于 2016-07-08T15:35:56.190 回答
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我在我的 RHEL 7.2 实例上设置 nloptr 时遇到了同样的问题。对于使用 RHEL 的用户，您可以执行以下操作： 以相同的顺序下载并安装以下 RPMS：

请注意，这些 RPM 可能需要根据您的系统配置安装额外的依赖项。

发布此消息后，您可以使用 install.packages 实用程序直接安装 nloptr ，或者从 CRAN 下载源代码并按照之前回复中的建议从源代码安装。

希望这可以帮助！

基兰

于 2016-05-13T06:36:52.973 回答
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如果您使用的是 AWS Linux，以下内容应该会有所帮助

yum --enablerepo=epel install NLopt-devel -y
于 2017-09-26T23:47:47.490 回答
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我刚刚通过以下两个步骤在我的服务器上解决了这个问题：

  1. 安装libnlopt-dev并nlopt使用
sudo apt-get install libnlopt-dev
pip install nlopt
  1. 用于sudo R启动 R 并键入：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS='-lnlopt'),install.packages('nloptr'),assignment='+=')
于 2021-03-03T14:51:31.387 回答
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我想我和你有同样的问题，我正在使用 CentOS 6.5 删除 nlopt 并在 R 中使用 install.packages() 安装 nloptr，将自动安装一个 nlopt。

我在解压缩的 nlopt 文件夹中使用以下命令删除了已安装的 nlopt。

make uninstall

如果您曾尝试在 CentOS 中使用 epel 存储库并使用 yum 安装了 nlopt，请尝试：

yum remove nlopt

删除现有的 nlopt 后，我​​可以安装 nloptr

install.packages("nloptr")
于 2015-12-01T07:49:03.890 回答