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更新 3：我似乎通过设置 fileEncoding 参数和使用函数的密切协调解决了这个问题slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")，上面的链接会有所帮助，因为fix-encode除了 slidify with 之外还需要包括 slidify 的分支install_github('ramnathv/slidify@fix_encode')，但它应该包含在 main设置可能很快。出于存档目的，我会将其保留在这里。不能说修复它的确切内容，但问题可能是由于输入文件的编码与脚本文件不同，因为默认编码似乎会导致一些问题。我仍然有点不确定到底发生了什么，但我对 slidify 的维护者 Ramnathv 积极参与所有这些讨论表示感谢和惊讶。此修复程序的故事也在上面的链接中。

我将这篇文章保留在网上只是为了存档目的，也许其他人最终会遇到与我所处的情况非常相似的情况。

更新 2：之前使用 slidify 进行编码存在问题，其中一些已经解决，更多信息请参见以下链接：https : //github.com/ramnathv/slidify/issues/377，http://kohske.github。 io/ESTRELA/201412/index.html，https: //github.com/ramnathv/slidify/issues/373，https ://github.com/Koalha/landslide/blob/master/index.Rmd

更新：打开包含 utf-8 字符的文件时似乎会出现此问题。在文本中的代码括号内编写r "õ,ä,ü"似乎可以正常工作，但是当打开包含 utf-8 字符的变量的文件时会导致脚本出现问题。使用knitr编译成html5时不会出现这些问题。有谁知道这两者之间的区别可能是什么？

key <- read.csv("key1.csv", header = TRUE, sep = ";", 
        quote = "\"", dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "")
print(key)

添加和编码参数，或 fileEncoding 似乎没有帮助，html knitr 似乎不需要它。

编辑：仍然没有解决，但我可能更接近这种情况的原因。事实证明，虽然 Rmd 本身保存为 UTF-8，但许多使用的数据集在存储时仍恢复为 ANSI。那么可能是混合文件类型的问题。最好的情况slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")似乎是.md用正确编码的字符来编译，但是在数据处理过程中，由于编码不匹配而导致的错误已经发生。这些问题在常规 knitr Rmd 到 html 的转换中没有发生。

我正在将 html Rmarkdown 文档转换为 ioslides 类型的 Rmarkdown 文档，但我偶然发现了一个意外问题。该文档在常规 knitr 构造上没有问题，但似乎遇到了与 slidify 中完全相同的代码、环境和目录的字符编码问题。

也就是说，当遇到包含非拉丁字符（例如ä，ü，ö）的变量时，knitr 似乎崩溃了，并且当它输出的文本包含这些字符时，它们被替换为“？” 矩形。

我正在使用基于 Claas-Thido Pfaff 示例的设置：http ://cpfaff.github.io/reproducibility/ 。我还没有找到可以指定或更改语言环境的地方（因为完全相同的文档适用于 html 输出。

---
title       : Reproducible Reports
subtitle    : With R, Knitr, LaTeX and Markdown 
author      : Claas-Thido Pfaff 
job         : http://cpfaff.github.io/reproducibility
framework   : io2012        # {io2012, html5slides, shower, dzslides, ...}
highlighter : highlight.js  # {highlight.js, prettify, highlight}
hitheme     : tomorrow      # 
widgets     : [mathjax, bootstrap]            # {mathjax, quiz, bootstrap}
mode        : selfcontained # {standalone, draft}
knit        : slidify::knit2slides
github      :
  author    : changed
  repo      : reproducibility
---

```{r echo = FALSE, include = F, eval = T}
require(knitr)
hook_source_def = knit_hooks$get('source')
knit_hooks$set(source = function(x, options){
  if (!is.null(options$verbatim) && options$verbatim){
    opts = gsub(",\\s*verbatim\\s*=\\s*TRUE\\s*", "", options$params.src)
    bef = sprintf('\n\n    ```{r %s}\n', opts, "\n")
    stringr::str_c(bef, paste(knitr:::indent_block(x, "    "), collapse = '\n'), "\n    ```\n")
  } else {
     hook_source_def(x, options)
  }
})

require(ggplot2)
```

有任何想法吗？谢谢！

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根据@Nisse-Engström 的建议，我将最终解决方案发布为答案，而不是原始问题的更新。我相信现在应该将修复编码集成到主 slidify 包中。

我似乎已经通过设置 fileEncoding 参数和使用函数的密切协调解决了这个问题slidify(file.Rmd, encoding="UTF-8")，上面的链接会有所帮助，因为fix-encode除了 slidify with 之外还需要包括 slidify 的分支install_github('ramnathv/slidify@fix_encode')，但它应该包含在主集中可能非常很快。出于存档目的，我会将其保留在这里。不能说修复它的确切内容，但问题可能是由于输入文件的编码与脚本文件不同，因为默认编码似乎会导致一些问题。我仍然有点不确定到底发生了什么，但我对 slidify 的维护者 Ramnathv 积极参与所有这些讨论表示感谢和惊讶。此修复程序的故事也在上面的链接中。

于 2016-11-15T13:37:10.170 回答