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我有困难：

  • 列出 PostgreSQL 可用的 R 包和函数。
  • 安装用于 PL/R的软件包（例如Kendall ）
  • 在 PostgreSQL 中调用 R 函数

列出可用的 R 包

问题 1。您如何找出已加载的 R 模块？

SELECT * FROM r_typenames();

这显示了可用的类型，但是检查是否Kendall( X, Y )已加载呢？例如，文档显示：

CREATE TABLE plr_modules (
  modseq int4,
  modsrc text
);

这似乎允许插入记录来指示Kendall要加载的内容，但以下代码在语法上并未解释如何确保加载它：

INSERT INTO plr_modules
  VALUES (0, 'pg.test.module.load <-function(msg) {print(msg)}');

问题 2。如果您尝试加载，上面的行会是什么样子Kendall？
问题 3。是否适用？

安装 R 包

使用“突触”包管理器安装了以下包：

r-base
r-base-core
r-base-dev
r-base-html
r-base-latex
r-cran-acepack
r-cran-boot
r-cran-car
r-cran-chron
r-cran-cluster
r-cran-codetools
r-cran-design
r-cran-foreign
r-cran-hmisc
r-cran-kernsmooth
r-cran-lattice
r-cran-matrix
r-cran-mgcv
r-cran-nlme
r-cran-quadprog
r-cran-robustbase
r-cran-rpart
r-cran-survival
r-cran-vr
r-recommended

问题 4。我怎么知道肯德尔是否在里面？
问题 5。如果不是，我如何找出它在哪个包中？
问题 6。如果它不在适合与apt-get( aptitude, synaptic, dpkg, 你有什么) 一起安装的软件包中，我该如何在 Ubuntu 上安装它？
问题 7。安装步骤记录在哪里？

调用 R 函数

我有以下代码：

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'corr( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

此代码调用 PostgreSQL 函数corr来计算 Pearson 对数据的相关性。理想情况下，我想做以下事情（通过切换corrfor plr_kendall）：

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'plr_kendall( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

问题 8。我必须自己写plr_kendall吗？
问题 9。我在哪里可以找到一个简单的示例：

  1. 将 R 模块加载到 PG 中。
  2. 为所需的 R 函数编写 PG 包装器。
  3. 从 SELECT 调用 PG 包装器。

例如，最后两个步骤是否如下所示：

create or replace function plr_kendall( _float8, _float8 ) returns float as '
  agg_kendall(arg1, arg2)
' language 'plr';

CREATE AGGREGATE agg_kendall (
  sfunc = plr_array_accum,
  basetype = float8, -- ???
  stype = _float8, -- ???
  finalfunc = plr_kendall
);

然后SELECT如上？

谢谢！

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1 回答 1

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概述

这些步骤列出了如何使用 PL/R 从 PostgreSQL 调用 R 函数。

先决条件

您必须已经安装了 PostgreSQL、R 和 PL/R。

脚步

  1. 查找 R 模块名称（例如Kendall）
  2. 更改为数据库用户： 
    sudo su - postgres
  3. 运行 R 
    R
  4. 安装 R 模块（接受$HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/）： 
    install.packages("Kendall", dependencies = TRUE)
  5. 出现提示时选择 CRAN 镜像。
  6. 创建下表： 
    CREATE TABLE plr_modules (
modseq int4,
modsrc text
);
  7. 在该表中插入指令以加载有问题的 R 模块： 
    INSERT INTO plr_modules
VALUES (0, 'library(Kendall)' );
  8. 重启数据库（或SELECT * FROM reload_plr_modules();）： 
    sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 restart
  9. 在 PostgreSQL 中创建一个包装函数： 
    CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.plr_corr_kendall(
double precision[],
double precision[] )
RETURNS double precision AS
$BODY$
Kendall(arg1, arg2)
$BODY$
LANGUAGE 'plr' VOLATILE STRICT;
  10. 创建一个使用包装函数的函数。
  11. 测试新功能。

包装函数

此函数执行从数据库收集数据并创建两个数组的工作。这些数组被传递到plr_corr_kendall包装函数中。

CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.analysis_vector()
RETURNS double precision AS
$BODY$
DECLARE
  v_year_taken double precision[];
  v_amount double precision[];
  i RECORD;
BEGIN
  FOR i IN (
  SELECT
    extract(YEAR FROM m.taken) AS year_taken,
    avg( m.amount ) AS amount
  FROM
    climate.city c,
    climate.station s,
    climate.station_category sc,
    climate.measurement m
  WHERE 
    c.id = 5148 AND 
    earth_distance( 
      ll_to_earth(c.latitude_decimal,c.longitude_decimal), 
      ll_to_earth(s.latitude_decimal,s.longitude_decimal)) <= 30 AND 
    s.elevation BETWEEN 0  AND  3000  AND 
    s.applicable AND 
    sc.station_id = s.id AND 
    sc.category_id = 1 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_start) >= 1900 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_end) <= 2009 AND 
    m.station_id = s.id AND 
    m.taken BETWEEN sc.taken_start AND sc.taken_end AND 
    m.category_id = sc.category_id 
  GROUP BY 
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ORDER BY
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ) LOOP
    SELECT array_append( v_year_taken, i.year_taken ) INTO v_year_taken;
    SELECT array_append( v_amount, i.amount::double precision ) INTO v_amount;
  END LOOP;

  RAISE NOTICE '%', v_year_taken;
  RAISE NOTICE '%', v_amount;

  RETURN climate.plr_corr_kendall( v_year_taken, v_amount );
END;
$BODY$
LANGUAGE 'plpgsql' VOLATILE
COST 100;

测试

测试功能如下：

SELECT
  *
FROM
  climate.analysis_vector();

结果

一个号码：-0.0578900910913944

于 2010-05-29T02:18:27.913 回答