2

我有以下 GNU 并行命令。

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out pdom-{}-diginorm.fq \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

我想在写入磁盘之前压缩输出。通常我只是将它通过管道传输到gzip -c，但不幸的是，这个特定的 Python 脚本没有将输出发送到标准输出的选项。然后我想我可以改用进程替换。我尝试了以下。

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out >(gzip -c - > pdom-{}-diginorm.fq.gz) \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

但是，后一个示例中的花括号被子进程逐字解释，而不是作为 GNU 并行参数的占位符。有什么办法可以让它工作吗？

4

1 回答 1

3

您的问题是 >() 在 GNU Parallel 甚至开始之前就被解释了。因此，您需要引用它以将其提供给 GNU Parallel：

parallel --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out '>(gzip -c - > pdom-{}-diginorm.fq.gz)' \
        pdom-{}.fq.gz \
    ::: 200bp 500bp 1kb 3kb 8kb

使用 >20140822 版本，您可以执行以下操作：

parallel --plus --gnu --jobs 4 \
    normalize-by-median.py \
        -k 20 -C 20 --paired -N 4 -x 6e9 \
        --out '>(gzip > {..}-diginorm.fq.gz)' \
        {} \
    ::: pdom-*
于 2015-03-26T07:53:42.837 回答