5

我正在存储不同元素之间的联系人。我想消除某些类型的元素并存储由消除的元素互连的元素的新联系人。

问题背景

想象一下这个问题。你有一个水分子，它与其他分子接触（如果接触是氢键，我的水周围可能有 4 个其他分子）。如下图所示（A、B、C、D 是其他一些原子，点表示接触）。

 A   B
 |   |
 H   H
  . .
   O
  / \
 H   H
 .   .
 C   D

我有关于所有点的信息，我需要消除中心的水，并创建描述 AC、AD、AB、BC、BD 和 CD 联系人的记录。

数据库结构

目前，我在数据库中有以下结构：

表atoms：

  • "id" integer PRIMARY KEY,
  • "amino" char(3) NOT NULL,（HOH 表示水或其他值）
  • 其他标识原子的列

表contacts：

  • "acceptor_id" integer NOT NULL,（靠近我的氢的原子，这里是 C 或 D）
  • "donor_id" integer NOT NULL,（此处为 A 或 B）
  • "directness" char(1) NOT NULL,（这应该是直接的 D 和水介导的 W）
  • 关于联系人的其他列，例如距离

编辑：如何看待前面描述的案例中的数据。

atoms：

id|atom|amino
1 | O  | HOH
2 | N  | ARG  <- atom A from image
3 | S  | CYS  <- B 
4 | O  | SER  <- C
5 | N  | ARG  <- D

contacts：

donor_id|acceptor_id|directness
1        4           D
1        5           D
2        1           D
3        1           D

我需要从中制作

contacts：

donor_id|acceptor_id|directness
3        4           W            <- B-C
3        5           W            <- B-D
2        4           W            <- A-C
2        5           W            <- A-D
2        3           X            <- A-B    (These last two rows are escaping me,
4        5           X            <- C-D     there could be also row D-C, but not
                                             both C-D and D-C. A char 'X' could 
                                             be used to mark "no donor/acceptor")

当前解决方案（不足）

现在，我正在浏览所有具有donor.amino = "HOH". 在此示例中，这将从 C 和 D 中选择联系人。对于这些选定的联系人中的每一个，我查找与当前选定联系人中的联系人相同的联系人acceptor_id。donor_id根据这些信息，我创建了新联系人。最后，我删除了与 HOH 之间的所有联系人。

这样，我显然无法创建 CD 和 AB 联系人（其他 4 个都可以）。

如果我尝试类似的方法 - 尝试找到两个具有相同donor_id 的联系人，我最终会得到重复的联系人（CD 和 DC）。

有没有一种简单的方法来检索所有六个联系人而不重复？

我梦想着某个一页长的 SQL 查询只检索这六个想要的行。:-)
但是，欢迎任何其他想法。

最好保留有关谁是捐赠者的信息（如果可能），但不是绝对必要的。

非常感谢所有阅读此问题的人。

4

2 回答 2

2

你的解释有一个困难。

您从一个有向图开始，其中每条边代表一个连接 X=>Y，其中 X 是施主，Y 是受主。该表atoms是该图的 SQL 表示形式。

您似乎想要的是无方向的东西。因此，连接 XY 意味着 X 和 Y 通过水分子（当然也可以是其他一些物种）连接，但 X 和 Y 都可以是供体或受体。出于这个原因，您的最后一张表有歧义（您注意到），因此某些链接可能会以任何一种方式出现。在我看来，这意味着列标题donor_id和acceptor_id最后一列没有您解释的任何含义。当然，这可能是我的困惑。

如果您想要的只是一个包含所有 6 个链接的表格，每个链接为一行，但不要太担心跟踪捐助者/接受者的事情，那么这在 sqlite3 中对我有用：

 create temporary view hoh_view as 
 select donor_id as id, atoms.id as hoh_id from contacts, atoms 
       where acceptor_id=atoms.id and atoms.amino='HOH' 
 union select acceptor_id as id, atoms.id as hoh_id from contacts, atoms 
       where donor_id=atoms.id and atoms.amino='HOH';

 select a.id, b.id from hoh_view as a, hoh_view as b 
       where a.id > b.id and a.hoh_id=b.hoh_id;

我使用临时视图使事情更清晰的地方。如果您愿意，可以通过将每个引用替换为hoh_view第一个查询来将这些全部放入一个大查询中。这对我来说感觉有点讨厌，可能有一种方法可以整理它。

如果您确实想跟踪供体/受体关系，您需要解释当两种氨基酸都是受体或供体时您如何决定要做什么（即示例中的最后两行）。

如果那不符合您的要求，那么也许我可以修复它。

于 2010-05-25T19:42:17.793 回答
1

好吧，很难在评论中提供示例，我决定发布一个答案：

如果您必须遵循原始数据，则无法区分第一个结构的数据和第二个结构的数据。应该有一个额外的分组条件来消除第一和第二结构之间的方向。

sqlite> create table atoms (id INT, atom TEXT, amino TEXT);
sqlite> insert into atoms VALUES (1, 'O', 'HOH');
sqlite> insert into atoms VALUES (2, 'A', 'ARG');
sqlite> insert into atoms VALUES (3, 'B', 'CYS');
sqlite> insert into atoms VALUES (4, 'C', 'SER');
sqlite> insert into atoms VALUES (5, 'D', 'ARG');
sqlite> insert into atoms VALUES (6, 'O1', 'HOH');
sqlite> insert into atoms VALUES (7, 'A1', 'ARG');
sqlite> insert into atoms VALUES (8, 'B1', 'CYS');
sqlite> insert into atoms VALUES (9, 'C1', 'SER');
sqlite> insert into atoms VALUES (10, 'D1', 'ARG');
sqlite> select * from atoms;
1|O|HOH
2|A|ARG
3|B|CYS
4|C|SER
5|D|ARG
6|O1|HOH
7|A1|ARG
8|B1|CYS
9|C1|SER
10|D1|ARG

UPD

以下是原始数据：

sqlite> .headers ON
sqlite> .mode columns
sqlite> select * from atoms;
id          atom        amino
----------  ----------  ----------
1           O           HOH
2           A           ARG
3           B           CYS
4           C           SER
5           D           ARG
6           O1          HOH
7           A1          ARG
8           B1          CYS
9           C1          SER
10          D1          ARG
sqlite> select * from contacts;
donor_id    acceptor_id  directness
----------  -----------  ----------
1           4            D
1           5            D
2           1            D
3           1            D
6           9            D
6           10           D
7           6            D
8           6            D

这是查询：

select
    c1.donor_id, c2.acceptor_id, 'W' as directness
from
    contacts c1, contacts c2, atoms a
where
    c1.acceptor_id = c2.donor_id
    and c1.acceptor_id=a.id
    and a.amino='HOH'
UNION ALL
select
    c1.donor_id, c2.donor_id, 'X' as directness
from
    contacts c1, contacts c2, atoms a
where
    c1.acceptor_id = c2.acceptor_id
    and c1.acceptor_id=a.id
    and a.amino='HOH'
    and c1.donor_id < c2.donor_id
UNION ALL
select
    c1.acceptor_id, c2.acceptor_id, 'X' as directness
from
    contacts c1, contacts c2, atoms a
where
    c1.donor_id = c2.donor_id
    and c1.donor_id=a.id
    and a.amino='HOH'
    and c1.acceptor_id < c2.acceptor_id;

结果如下：

donor_id    acceptor_id  directness
----------  -----------  ----------
2           4            W
2           5            W
3           4            W
3           5            W
7           9            W
7           10           W
8           9            W
8           10           W
2           3            X
7           8            X
4           5            X
9           10           X
于 2010-05-25T21:23:25.490 回答